使用欧洲核苷酸存档（ENA）的简单CLI工具箱
ena-utils的Python项目详细描述
ena utils是一个小的python包，它提供了一个CLI来向European Nucleotide Archive (ENA)提交核苷酸序列。在
该方案的目标是：
- 以便于提交大量的对象
- 为了充分利用ENA元数据模式（参见下面的Future developments一节）
这是一个早期的开发版本，只提供最小的特性。在
支持的提交类型
- 非复用成对端序列读取
特点
- 文件上传
- 研究登记
- 实验注册
- 运行注册
- 样品登记
要求
- Python3
- Webin帐户
安装
最新版本在PyPI上可用，可以使用pip安装：
$ pip install ena-utils
使用pipx
使用pipx在隔离环境中安装和执行ena utils。在
Install pipx 并确保正确配置了$PATH。在
^{pr2}$一旦安装了pipx，请使用以下命令安装ena-utils。在
$ pipx install ena-utils $ which ena-utils ~/.local/bin/ena-utils
使用
最新文档可从https://readthedocs.org获得。在
未来发展
- 从ENA schema XSD文件自动生成CLI和objects列表模板。在
- 项目
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