一个Python项目示例。
dtp-pkmodel的Python项目详细描述
PK_模型，牛津跨学科生物科学DTP学生开发的药代动力学模型
这是一个运行用户指定的药代动力学模型（PK模型）的软件包。用户可以指定中央隔室周围的外围隔室数量、剂量类型（I.V.或S.C.）和剂量协议。一个求解器将求解模拟药代动力学的微分方程组，并输出比较不同模型参数解的图形。在
该软件包是pip安装的，可以在最新的windows、ubuntu和macos操作系统上运行。在
快速启动
- 首先克隆或派生此存储库并导航到存储库的顶部目录
git clone https://github.com/Down-To-Programme/PK_Model.git
cd PK_Model
- 我们建议您使用我们的python+3.6包创建一个虚拟环境。在这些python版本上连续运行测试以确保包正常工作，但不测试以前的版本。在
- 要安装需求和依赖项，可以使用设置.py键入文件：
pip install –e .
运行模型
[Most user-friendly option]您可以运行一个交互式脚本，该脚本将引导您完成指定PK模型参数所需的不同步骤。然后它将生成一个绘图，为您提供比较两个不同模型和保存生成的图形的选项。 使用以下命令从命令行运行此脚本：
python interactive_pkmodel.py
也可以从命令行运行示例模型，方法是：
python try_out_script.py
或者，您也可以pip安装dtp pkmodel包：
pip install dtp-pkmodel
打开python解释器并导入：
python
>>> import pkmodel
目录结构
.
├── LICENSE
├── README.md
├── build
│ ├── bdist.macosx-10.15-x86_64
│ └── lib
│ └── pkmodel
│ ├── __init__.py
│ ├── model.py
│ ├── protocol.py
│ ├── solution.py
│ ├── tests
│ │ ├── __init__.py
│ │ ├── test_model.py
│ │ ├── test_pipeline.py
│ │ ├── test_protocol.py
│ │ └── test_solution.py
│ └── version_info.py
├── dist
│ ├── dtp_pkmodel-1.0.1-py3-none-any.whl
│ └── dtp_pkmodel-1.0.1.tar.gz
├── docs
│ ├── Makefile
│ ├── conf.py
│ ├── index.rst
│ └── make.bat
├── dtp_pkmodel.egg-info
│ ├── PKG-INFO
│ ├── SOURCES.txt
│ ├── dependency_links.txt
│ ├── requires.txt
│ └── top_level.txt
├── pkmodel
│ ├── __init__.py
│ ├── __pycache__
│ │ ├── __init__.cpython-38.pyc
│ │ ├── model.cpython-38.pyc
│ │ ├── protocol.cpython-38.pyc
│ │ ├── solution.cpython-38.pyc
│ │ └── version_info.cpython-38.pyc
│ ├── model.py
│ ├── protocol.py
│ ├── solution.py
│ ├── tests
│ │ ├── __init__.py
│ │ ├── __pycache__
│ │ │ ├── __init__.cpython-38.pyc
│ │ │ ├── test_model.cpython-38.pyc
│ │ │ ├── test_protocol.cpython-38.pyc
│ │ │ └── test_solution.cpython-38.pyc
│ │ ├── test_model.py
│ │ ├── test_pipeline.py
│ │ ├── test_protocol.py
│ │ └── test_solution.py
│ └── version_info.py
├── requirements.txt
├── interactive_pkmodel.py
├── setup.py
└── try_out_script.py
提出问题
如果您发现问题并希望我们解决，请通过以下方式通知我们：
- 从主分支提取更改以避免冲突：
git pull origin master
- 在
导航到存储库主页中的“问题”选项卡，在GitHub上创建问题
在 - 在
创建与git问题对应的新分支
在
git checkout -b <new-branch>
- 进行更改，然后使用git添加、提交并将更改推送到GitHub上的存储库
git add <file>
（您可以使用git status找到需要添加的文件）
git commit –m "issue-number-comment"
git push origin <new-branch>
- 在GitHub上发出请求
许可证
这个软件包是在麻省理工学院许可下创建的。请在https://github.com/Down-To-Programme/PK_Model/blob/master/LICENSE上阅读有关此内容的更多信息
链接
- https://dtp-pk-model.readthedocs.io/en/latest/
- https://codecov.io/gh/Down-To-Programme/PK_Model
- https://bettercodehub.com/results/Down-To-Programme/PK_Model
- 项目
标签：
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