DRSIP对接包
drsip的Python项目详细描述
dr-sip：距离限制-和循环对称强制填料
dr-sip包含预测同源寡聚跨膜蛋白（hotps）四级结构的工具和分子对接协议，其方法是假设复合物是环状的（cn）对称和过滤对接姿势，并通过实验测量复合物中单体之间的距离限制。
dr-sip包包含4个python模块：
- drsip：实现分子对接协议。当前实现接受zdock输出文件。
- zdock解析器：解析zdock输出文件，生成并返回姿势坐标，而无需首先写入pdb文件。
- 对接评估：实现capri标准来评估相对于参考结构的对接结果。
- drsip common：其他模块使用的公共函数。
如果您正在使用我们的任何软件包，请cite us
如何安装DR-SIP？
使用conda（推荐）或pip有两种安装dr-sip的方法。
Conda安装
我们建议您为python 2.7安装Anaconda distribution。
要安装DR-SIP：
conda config --append channels conda-forge
conda config --append channels drsip
conda install drsip
PIP安装
对于PIP:
pip install drsip
如何使用？
膜蛋白对接协议
drsip membrane static-pdb-file mobile-pdb-file trans-helix zdock-output-file -d distance-restraints-file -o DRSIP-results.csv -p top20/
反螺旋参数是一个字符串，包含每个跨膜螺旋的逗号分隔的剩余部分。示例：“17-46，69-93”，其中第一个跨膜螺旋从resid 17到46，第二个从resid 69到93。跨膜螺旋可以从Orientations of Proteins in Membranes database中获得。
而-o参数用于将前20个姿势的结果写入csv文件，-p是用于写出前20个姿势生成的前20个复合体的pdb文件的文件夹。
距离限制文件是可选的，如果没有距离限制，则不会应用筛选器。距离限制文件中的每一行都包含一个剩余对，格式为：
chainID1 resID1 chainID2 resID2 distance
注意：列由制表符分隔（制表符分隔）。
可溶性蛋白质方案
drsip soluble static-pdb-file mobile-pdb-file zdock-output-file distance-restraints-file -o DRSIP-results.csv -p top20/
与运行膜蛋白对接协议类似，只是需要距离限制文件，并且没有反螺旋参数。
示例：
下载示例here并解压缩zip文件。
首先，将当前工作目录更改为examples文件夹：
cd examples
对于hotp系统，mscl:
drsip membrane 2oar_static_marked.pdb 2oar_mobile_marked.pdb "17-46, 69-93" MscL_54000_ZDOCK.out -d MscL_FRET_Data.txt -o MscL/DRSIP_results.csv -p MscL/
其中“17-46，69-93”是由OPM指定的两个跨膜螺旋。结果表和前20个复合体将写入mscl文件夹。
而mscl_fret_data.txt包含：
A 40 B 40 5.033146272
B 25 A 25 4.528073406
...
有关更多详细信息，请运行“drsip membrane-h”或查看documentation。
至于可溶性系统，syt1陷阱：
drsip soluble 5ccg_SNARE_marked.pdb 2r83_aligned_domains_marked.pdb Syt1-SNARE_ZDOCK_54000.out Syt1-SNARE_FRET_Data.txt -o Syt1_SNARE/DRSIP_results.csv -p Syt1_SNARE/
结果表和前20个姿势将写入syt1_snare文件夹。
有关更多详细信息，请运行“drsip solible-h”或查看documentation。
有关预计算的结果，请参见mscl_ref和syt1_snare_ref文件夹。
文档
提供完整的文档here
怎么引证我们？
如果您使用dr-sip包的任何部分，请引用我们：
Chan Justin, Chien Chi-Hong Chang, Zou Jinhao, Pan Rong-Long, Yang Lee-Wei.
(2019) DR-SIP: Protocols for Higher Order Structure Modeling with Distance
Restraints- and Cyclic Symmetry-Imposed Packing. BioRxiv [Preprint].
Available at: https://doi.org/10.1101/500397.
手稿可在预印网站BioRxiv上找到。
参考资料
DR-SIP软件包使用以下软件包：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
