python和cython的dna输入输出库。包括fasta和fastq文件的读写器、对samtools faidx文件的支持，以及实体和间隙q-grams（k-mers）的生成器。
dinop的Python项目详细描述
dinopy-python的dna输入和输出
Dinopy的目标是使包含生物序列的文件更容易 并且对于python程序员来说是有效的，允许他们 关注他们的应用程序而不是文件IO。
#!python
import dinopy
fq_reader = dinopy.FastqReader("reads.fastq")
for sequence, name, quality in fq_reader.reads(quality_values=True):
if some_function(quality):
analyze(seq)
功能
安装
DINOPY可以与PIP一起安装：
$ pip install dinopy
或使用conda:
$ conda install -c bioconda dinopy
此外，dinopy可以从bitbucket下载并使用其 setup.py:
从下载源代码 bitbucket。
全局安装：
$ python setup.py install
或仅适用于当前用户：
$ python setup.py install --user
使用dinopy:
$ python >>> import dinopy
安装要求
我们建议使用 anaconda 以及 bioconda channel。
$ conda config --add channels r $ conda config --add channels bioconda $ conda create -n dinoenv dinopy
平台支撑
Dinopy已经在ubuntu、ArchLinux和OSX（Yosemite和El）上进行了测试 卡皮坦）。
我们不正式支持Windows-Dinopy可能会工作，但是 由于不同的换行样式，可能会有问题；我们假设 \n作为分隔符，但遇到带有^{tt4}的文件的可能性$ 因为在windows上，行分隔符可能更高。
发展中的特点
- BAM编写器/读取器
计划功能
- gff3分析器
- 亚硫酸氢盐阵列
- fastq解析器的质量调整
联系人
如果您想报告一个bug或建议一个新特性，可以在bitbucket上重新报告。
- 电子邮件：
- Henning Timm:name.surname<；at>；tu-dortmund.de
- 直到哈特曼：name.surname<；at>；tu-dortmund.de
许可证
Dinopy是开源的，并根据MIT License获得许可。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
