解复用监视报告工具
demort的Python项目详细描述
demort通过计算各种度量来计算解复用的fastq文件。
依赖关系
您需要安装python 3.7和依赖项。通过键入以下内容检查版本：
python3 --version
python3依赖项：
用法
demort检查指定文件夹中的fastq文件，然后计算每个文件夹中每个fastq文件的读取次数，最后返回摘要csv表和pdf方框图
（将文件夹列表作为字符串处理）
demort.py -d folder/folder1,folder/folder2,folder/folder3 \
-t 8 \
-p results.pdf \
-o results.csv
（将文件夹列表处理到文件中）
demort.py -d example/folder_to_process.txt \
-t 8 \
-p results.pdf \
-o results.csv
命令行参数
| complete flag argument | short flag | Default value | Summary |
|---|---|---|---|
| ^{ | ^{ | NA | a string of folderpath separated by coma ^{ |
| ^{ | ^{ | 1 | Number of available cores |
| ^{ | ^{ | NA | path of the file where to write a ^{ |
| ^{ | ^{ | NA | path of the file where to write a ^{ |
输入
folder/
├── folder1
│ ├── fqfileA.fq.gz
│ ├── fqfileB.fq.gz
│ └── fqfileC.fq.gz
├── folder2
│ ├── fqfileD.fq.gz
│ └── fqfileE.fq.gz
└── folder3
├── fqfileF.fq.gz
├── fqfileG.fq.gz
└── fqfileH.fq.gz
输出
- 摘要
csv表[文件夹名、文件名、读取数] pdf方框图图片
系统要求
支持Linux（64位和32位，功能稍有限制）和MacOS（OS X）。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
