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关于fq 相关联的Python项目和问题：

NoneType不能使用pyes中的elasticsearch调用

我的代码是： import pyes conn = pyes.ES(myes_path) siplist =['a','b','c'] diplist = ['d','e','f'] bf = ...

2024-05-11 已阅读: n次

如何处理snakemake中配置文件中提供的ftp链接？

我正在尝试构建snakemake工作流，该工作流将提供指向本地文件的符号链接（如果该文件存在），或者如果该文件不存在，则将下载该文件并将其集成到工作流中。为此，我使用了两个具有相同输出的规则，并使用r ...

2024-05-11 已阅读: n次

如何用Python将这个列表转换成字典？

我有一张这样的单子： paths = [['test_data', 'new_directory', 'ok.txt'], ['test_data', 'reads_1.fq'], ['test_da ...

2024-05-11 已阅读: n次

具有整数的Solr刻面范围

我的索引包含人的信息，姓名，年龄，电话和电子邮件等等我在和年龄打交道。我把年龄分组有点像日期范围功能。在我的范围是： 0 to 10 11 to 20 21 to 30 ...

2024-05-11 已阅读: n次

Snakemake从每个样本目录问题输入fastq文件，用于宏基因组学分析

我正在开发一个新的snakemake metagenomics管道来修剪fastq文件，并通过kraken运行它们。每个示例都有一个包含正向和反向读取的目录 Sample_1/r1_paired.fq ...

2024-05-11 已阅读: n次

如何在Python中将此列表转换为所需的格式？

我有这样一个清单： x = [[(u'reads_2.fq',)], [], [(u'README.txt',)]] 期望输出： ['reads.fq', 'README.txt'] ...

2024-05-11 已阅读: n次

Python日志模块不在logfi中写入

我的脚本有问题，我正在尝试为此函数的每个调用创建一个日志文件： @begin.subcommand def sample_mode(sample, folder = None, reference = ...

2024-05-11 已阅读: n次

在python中合并两个列表，但在merg期间对它们进行排序

我从两个模型进行查询： fq = MyModel.objects.order_by('-added_time') sq = MySecondModel.objects.order_by('-added ...

2024-05-11 已阅读: n次

删除fi中每行的unicode数字

我的文件（outputfile5.txt）包含：（文件包含unicode格式的所有元素） 5അവന്‍ --> 1രാമന്‍ 6അവള്‍ക്ക് --> 2സീതയെ 10 ...

2024-05-11 已阅读: n次

使用Python加速并行读取大文件

我需要处理两个大文件（>；10亿行），并根据一个文件中特定行中的信息将每个文件拆分为小文件。这些文件在blocks（我们称之为测序reads）中记录高通量测序数据，而每个read包含4行，（n ...

2024-05-11 已阅读: n次

如何在python中生成if循环来表示“如果某个东西（在本例中为1/1）存在于我的一列（在本例中为10）中”？

我有这样一个文件： Chr10 31 . T C 35.1 . DP=7;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,7,0;MQ ...

2024-05-11 已阅读: n次

如何使用javascript在模板中使用以下python字典？

我有一本这样的Python字典： {'test_data': ['reads_1.fq', 'reads_2.fq'], 'test_data/new_directory': ['ok.txt'], ...

2024-05-11 已阅读: n次

FixQueue

固定队列在您的平台和应用程序上生成固定大小队列的最简单队列包。您只需要导入并使用基于fixqueue的队列。安装 pip安装修复队列基本示例 from FixQueue impor ...

2024-05-11 已阅读: n次

fqutil

#fqutils 两个基于python的fastq qc工具可以执行几个有用的文件处理操作，特别是检查读取配对、修复读取配对和修剪读取。值得注意的是，fq修复是唯一的工具（据我所知）它可以成功地 ...

2024-05-11 已阅读: n次

fastqsplitter

快速分配器一个简单的应用程序来分割fastq文件。 fastqsplitter读取fastq 文件。然后将读取的内容拆分到指定的输出文件上。此应用程序不适用于多行fastq序列。 ...

2024-05-11 已阅读: n次

metasort

#metasort一个使用onecodex api的数字健康黑客周末项目。根据onecodex的分类分配过滤读取。上载一个快速（a/q）文件并下载按物种排序的单个文件。>设置one codex api ...

2024-05-11 已阅读: n次

cypari2

数论库PARI/GP的python接口。这个库同时支持Python2和Python3。安装 gnu/linux python2-cypari2或python2-cypari2或python ...

2024-05-11 已阅读: n次

yanytapi

Yanytapi yanytapi是New York Times Article Search API的python包装器。基于优秀的^{}包，它完全支持api的所有搜索参数，还允许访问请求对象本身以 ...

2024-05-11 已阅读: n次

chfilter

##叶绿体去除工具这是一个简单的工具，可以从成对的末端样本中去除所有类似16srrna的读数。通过使用bowtie2，根据greengenes数据库中的16srrna筛选成对的末端读取，并从样本中删除 ...

2024-05-11 已阅读: n次

sbio

SBIO 简单生物信息工具的集合。快速质量脚本用法： fastq_quality.py -r1 *R1*.fastq.gz -r2 *R2*.fastq.gz fastq_quality.py - ...

2024-05-11 已阅读: n次

pyppl

PyPPL-aPythonPiPeLine框架 DocumentationAPI{a15} 功能进程缓存。过程可重用性。处理错误。跑步者定制。正在运行配置文件切换。插件系统。管道流程 ...

2024-05-11 已阅读: n次

demort

demort通过计算各种度量来计算解复用的fastq文件。依赖关系您需要安装python 3.7和依赖项。通过键入以下内容检查版本： python3 --version python3依赖项： ...

2024-05-11 已阅读: n次

redundans

###目录-**[冗余]（冗余）**-**[先决条件]（先决条件）**-**[Unix安装程序]（Unix安装程序）**-**[Docker映像]（Docker映像）**-**[运行管道]（运行管道） ...

2024-05-11 已阅读: n次

findfqpath

findfqpath包返回完全限定的文件名查找文件的当前最新版本。一旦找到，它将被保存在一个架子文件中。以后的调用首先从工具架文件中提取，然后搜索该文件是否比请求的文件旧或缺少便于在更新时移动的可 ...

2024-05-11 已阅读: n次