debarcer 2.0.3

配置

示例配置文件在/debarcer/config/sample_config.ini中提供，示例prepfile在/debarcer/config/library_prep_types.ini中提供。期望多次使用的阈值和路径应存储在配置文件中。prepfile包含如何处理不同库prep的说明，例如：

; One library entry[LIBRARY_NAME]INPUT_READS=3OUTPUT_READS=2UMI_LOCS=2UMI_LENS=10SPACER=FALSE

• 输入读数：

  未处理的fastq文件数（1-3）。

• 输出读数：

  重新读取后的fastq文件数（1-2）。

• 乌米湖：

  包含umi（1-3）的读取的逗号分隔索引。

• umi_镜头：

  对应于umi-locs（1-100）的umi的逗号分隔长度。

• 间隔棒：

  如果存在间隔，则为true，否则为false（true/false）。

• 垫片（可选）：

  间隔基序列（[a，c，g，t]+）。

LIBRARY_NAME将是传递给debarcer.py的--prepname参数。

典型工作流程

## Preprocess some fastq files
$ python debarcer.py preprocess -o /path/to/output_dir -r1 /path/to/read1.fastq -r2 /path/to/read2.fastq
  -prepname "prepname" -prepfile /path/to/library_prep_types.ini

## Align, sort, index
## ...
## produces: bam_file.bam, bam_file.bam.bai
## Error-correct and group UMIs into families
$ python debarcer.py group -r chrN:posA-posB -c /path/to/config.ini -b /path/to/bam_file.bam
  -o /path/to/output_dir

## Perform base collapsing
$ python debarcer.py collapse -o /path/to/output_dir -r chrN:posA-posB
  -b /path/to/bam_file.bam -u /path/to/umi_file.umis
  -c /path/to/config.ini

## Call variants of specified family sizes
$ python debarcer.py call -o /path/to/output_dir -r chrN:posA-posB
  -cf /path/to/cons_file.cons -f 1,2,5 -c path/to/config.ini

依赖关系

debarcer使用python 3.6.4进行了测试，并依赖于pysam和pandas包。见requirements.txt。