计算密码子对得分的Python实现
codonpair的Python项目详细描述
^{1}$
密码子对
codonpair计算密码子对得分和密码子对偏差。定制付款服务
值与perl脚本从
Dimitris Papamichail（cps_perl目录）和，大概，
用于以下工作：
Virus attenuation by genome-scale changes in codon pair bias.
Coleman JR1, Papamichail D, Skiena S, Futcher B, Wimmer E, Mueller S.
Science. 2008 Jun 27;320(5884):1784-7. doi: 10.1126/science.1155761.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18583614
安装
或者，克隆repo并使用pip安装
^{pr2}$或者。。。让皮普处理细节：
pip install git+git://github.com/smsaladi/codonpair@master#codonpair
应检查所有依赖项，如有必要，进行安装
由pip自动执行。在
使用
通过指定引用序列的列表初始化codonpair.CodonPair对象
CodonPair.from_sequences，来自命名引用CodonPair.from_named_reference，
引用文件CodonPair.from_reference_file，
或者简单地将密码子计数的pd.DataFrame提供给CodonPair。在
以下命名引用与此包一起识别/绑定。在
E. coli（BL21-DE3）S. pneumoniae（TIGR4）cps_perl-perl实现提供的参考文件
{{{cd10>默认使用构造函数。在
然后使用CodonPair.cpb计算所提供序列的密码子对分数
它返回一个包含
- 密码子对总得分
total_cps-每个密码子对的值之和 - 在引用中未找到
n_pair-不包括密码子对的密码子数 - 密码子对偏差
cpb-total_cps/n_pair
对于一次性计算，codonpair.calc_cpb可以直接使用
对于感兴趣的序列（在后台调用默认构造函数）。在
importcodonpaircp=codonpair.CodonPair.from_named_reference('E. coli')cp.cpb("ATGATCCCCTTACAACATGGACTGATCCTCGCGGCAATCTTATTCGTTCTTGGCTTAACC")
为了方便起见，可执行文件cps通过pip安装到路径中：
cps test.fasta > test.scores.txt
请参阅CodonPair.write_reference以编写引用集的密码子对计数
提供用于将来计算的文件名。在
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