ckanext-papaya 0.0.1

要求

使用CKAN 2.9.0A进行测试。

安装

安装ckanext木瓜：

1. 激活您的CKAN虚拟环境，例如：

   . /usr/lib/ckan/default/bin/activate
   

2. 将ckanext papaya python包安装到您的虚拟环境中：

   pip install ckanext-papaya
   

3. 将papaya添加到ckan中的ckan.plugins设置 配置文件（默认情况下，配置文件位于 /etc/ckan/default/production.ini）。为了避免有木瓜观赏者 对所有ZIP文件启用，无论它们是否包含DICOM文件， 不要将添加到ckan.views.default_views。

4. 重启ckan。例如，如果您在ubuntu上使用apache部署了ckan:

   sudo service apache2 reload
   

配置设置

目前没有。nifti文件和dicom目录往往很大， 因此，您可能需要增加最大资源大小以允许用户上载。 这些文件格式。

开发者安装

要安装ckanext papaya进行开发，请激活ckan virtualenv并 做：

git clone https://github.com//ckanext-papaya.git
cd ckanext-papaya
python setup.py develop
pip install -r dev-requirements.txt

测试

要运行测试，请执行：

nosetests --nologcapture --with-pylons=test.ini

要运行测试并生成覆盖率报告，首先确保 在您的virtualenv（pip install coverage）中安装覆盖率，然后运行：

nosetests --nologcapture --with-pylons=test.ini --with-coverage --cover-package=ckanext.papaya --cover-inclusive --cover-erase --cover-tests

使用扩展名

扩展名使用papaya viewer for single自动创建一个视图 DICOM文件（文件扩展名为.dcm）、NIFTI文件（文件扩展名为.nii）， 以及包含一个或多个dicom文件的zip文件。如果zip存档包含 除DICOM文件或不带.dcm扩展名的DICOM文件之外的其他文件类型， 当在中显示格式正确的文件时，它们将被忽略 番木瓜。

要查看压缩的dicom文件，扩展名将临时解压缩归档文件并 将扩展名为.dcm的文件的内容传递给papaya。解开的拉链 立即删除文件以防止它们占用服务器空间。 papaya实际上无法读取本地文件，因为它是一个javascript框架，所以 必须传递文件的原始内容，而不是传递到 把他们自己归档到木瓜上。用户在尝试查看时可能会遇到一些延迟 大型dicom目录，但大多数延迟来自于papaya读取 单个dicom文件，而不是从ckan扩展名将数据传递到 番木瓜。

与我们的副视图扩展（https://github.com/SFB-ELAINE/ckanext-paraview）不同， 此扩展直接在ckan中运行，不需要单独的服务器。 一旦它安装在ckan实例中并添加到配置文件中，它将 无需进一步设置即可工作。

此扩展将自动为新上载的文件创建木瓜视图， 但现有的资源有NIFTI文件、单个DICOM文件或DICOM目录 可能需要手动添加木瓜视图。