用于转录组学分析的血液转录模块
BTM的Python项目详细描述
解释血液转录组学数据的基因模块。
作为传统途径的替代品，提供颗粒免疫和更好的敏感性。 这些模块也可以作为基因集用于gsea分析。 这是中描述的BTM模块 https://www.nature.com/articles/ni.2789
Li，S.，Rouphael，N.，等人（2014年）。 从五种人类疫苗的系统生物学研究中获得的抗体反应的分子特征。 《自然免疫学》，15（2），第195页。
btm_tool.py用于演示
- 将基因水平数据转换为BTM活性表。（也可以将affy probeset级别的数据转换为基因级别的数据。）
- 输入基因表的富集试验。
- 在模块水平上检测抗体与基因表达的相关性。
安装： 这个程序需要python 2.x、numpy和scipy（verion 0.10+，http://scipy.org/install.html）。 可选的绘图功能取决于python绘图库matplotlib。
##示例使用
要将基因水平数据转换为BTM模块活动分数： ` from btm.btm_tool import genetable_to_activityscores genetable_to_activityscores(infile, outfile) `
下载教程包 https://media.nature.com/original/nature-assets/ni/journal/v15/n2/extref/ni.2789-S5.zip
这个“btm_tutorial_package”下载包应该包含- btm_tool.py、btm_example_data.py、mcv4_d3v0_probesets.txt， gene_ab_correlation.rnk，btm_for_gsea_20131008.gmt，单核细胞与bcells.txt。
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