使用流行的tophat/cufflinks管道分析rna序列数据的python包装器。
blacktie的Python项目详细描述
欢迎来到布莱克蒂！
==
==
这个包是功能性的，但正在进行大量开发，因此您可能希望定期从git://github.com/xguse/blacktie.git上的repo中提取最新代码。
对于**最新**版本，请提取"开发"分支。
**我寻求collaborati关于和改进这个工具的贡献。**
**请**带着它跑吧，但是请把你的进度发给我！
其目标是**简化tophat/cufflinks工作流**的所有
输入/输出流集成到一个基于yaml的配置文件中，并尽可能自动化所有其他内容，以便一旦配置文件填写完毕，**分析多条件rna-seq实验可以用一个命令运行。**
我没有时间填写所有的文档字符串，而是定期更新它们。
（当前版本的文档可以在这里找到：http://xguse.github.com/blacktie/）
在文档完成之前，请随时与我联系
wadunn83@gmail.com以获取指导。
问题跟踪
----
如果您发现问题、错误或有功能请求，请访问此处提交：https://github.com/xguse/blacktie/issues
…原始：html
<；iframe src="http://wl.figshare.com/articles/714149/embed？show_title=1"width="568"height="200"frameborder="0">；lt；/iframe>；
>若要赞扬使用黑领带，请使用提供的DOI链接引用海报。
*介绍黑领带：使用tophat/cufflinks/cummerbund*进行RNA排序的更简单方法。奥古斯丁·邓恩。figshare.
http://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.714149
代码块：：无
用法：blacktie[-h][--version]
[--prog{tophat，cufflinks，cuffmerge，cuffdiff，cummerbund，all}]
[--hide logs][--no email]
[--mode{analyze，dry_run，qsub_script}]
config文件
脚本从一个yaml格式的文件中读取选项，并为多个条件集组织tophat/cufflinks运行的执行。
s.
可选参数：
-h，--帮助显示此帮助消息并退出
--版本打印版本号。
--prog{tophat，cufflinks，cuffmerge，cuffdiff，cummerbund，all}
要运行哪个程序？（默认值：tophat）
--隐藏日志将隐藏日志目录，以保持基目录整洁。（默认值：false）
--没有电子邮件不发送电子邮件通知。（默认值：false）
--模式{analyze，dry_run，qsub_script}
1）"analyze"：运行分析管道。2）"dry_run"：
遍历将要运行的所有步骤并打印出
命令行；但是，不要将
命令发送到要运行的系统。3）"qsub_脚本"：生成适合通过qsub命令发送到计算集群sge的bash脚本。（默认：
分析）
credits
----
-`distribute`\u
-`buildout`\u
-`modern package template`\u
_构建：http://www.buildout.org/
…_分发：http://pypi.python.org/pypi/distribute
…_`现代包模板`:http://pypi.python.org/pypi/modern package template
…图片：：https://d2weczhvl823v0.cloudfront.net/xguse/blacktie/trend.png
：alt:bitdeli badge
：target:https:。//Bitdeli.com/免费
…这是您的项目新闻文件，其中将包含发行说明。
。示例：http://www.python.org/download/releases/2.6/news.txt
。此文件的内容以及readme.rst将显示在您的
…项目的PYPI页面。
news
===
<0.2.1.2
——
*发布日期：2013-07-17*
*采用的版本号系统符合pep386
*这是一个热修复程序，可用于压缩GitHub问题中描述的错误：https://github.com/xguse/blacktie/issue s/10
**错误："module"对象在尝试设置队列时没有"poll"属性。
*快速修复方法是查找该异常，如果遇到致命异常，则不使用"pprocess"继续操作。
<0.2.1
--
*发布日期：2013-05-15*
*git标记："v0.2.1"
*添加了名为blacktie-c的新脚本ummerbund to run cummerbund
*在调用中添加了新类。py cummerbund call to use blacktie cummerbund script to add cummerbund plots to blacktie script
*检查r和rpy2安装
*如果找不到cummerbund r库，它会引导您完成安装过程
*``src/blacktie/utils/calls.py`:-修复了outdir尚未创建，但它仍在
*``examples/blacktie_config_example.yaml```:-添加了cummerbund_选项
*``requirements.txt`:-添加了rpy2
*更新的文档
<0.2.0rc1
--
*发布日期：2013-04-19*
*git标记："v0.2.0rc1"
*添加了对处理生物复制的支持cuffdiff运行。
*对yaml配置的主要更改：
*条件队列[index].group\u id-->；条件队列[index].experiment\u id
*添加条件队列[index].replicate\u id以跟踪复制数据
*条件队列[index].name现在表示"实验条件"的描述，将由复制共享。
>0.1.1
*Git Commit Sha摘要：9D7C02D5E7F4EC8970BB2291C36BB2291C3EB6FF8F4DBE542
*Git Tag:'v0.1.1'
>
*发布日期：2013-03-20*
>
>
>
>
><提交SHA摘要：808C11FB396C71AF55FF690FA6F2E628E5FFD758
*git标记："v0.1-dev"
*首先已上载到pypi
*此版本仍在积极开发中。
==
==
这个包是功能性的，但正在进行大量开发，因此您可能希望定期从git://github.com/xguse/blacktie.git上的repo中提取最新代码。
对于**最新**版本，请提取"开发"分支。
**我寻求collaborati关于和改进这个工具的贡献。**
**请**带着它跑吧，但是请把你的进度发给我！
其目标是**简化tophat/cufflinks工作流**的所有
输入/输出流集成到一个基于yaml的配置文件中，并尽可能自动化所有其他内容，以便一旦配置文件填写完毕，**分析多条件rna-seq实验可以用一个命令运行。**
我没有时间填写所有的文档字符串，而是定期更新它们。
（当前版本的文档可以在这里找到：http://xguse.github.com/blacktie/）
在文档完成之前，请随时与我联系
wadunn83@gmail.com以获取指导。
问题跟踪
----
如果您发现问题、错误或有功能请求，请访问此处提交：https://github.com/xguse/blacktie/issues
…原始：html
<；iframe src="http://wl.figshare.com/articles/714149/embed？show_title=1"width="568"height="200"frameborder="0">；lt；/iframe>；
>若要赞扬使用黑领带，请使用提供的DOI链接引用海报。
*介绍黑领带：使用tophat/cufflinks/cummerbund*进行RNA排序的更简单方法。奥古斯丁·邓恩。figshare.
http://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.714149
代码块：：无
用法：blacktie[-h][--version]
[--prog{tophat，cufflinks，cuffmerge，cuffdiff，cummerbund，all}]
[--hide logs][--no email]
[--mode{analyze，dry_run，qsub_script}]
config文件
脚本从一个yaml格式的文件中读取选项，并为多个条件集组织tophat/cufflinks运行的执行。
s.
可选参数：
-h，--帮助显示此帮助消息并退出
--版本打印版本号。
--prog{tophat，cufflinks，cuffmerge，cuffdiff，cummerbund，all}
要运行哪个程序？（默认值：tophat）
--隐藏日志将隐藏日志目录，以保持基目录整洁。（默认值：false）
--没有电子邮件不发送电子邮件通知。（默认值：false）
--模式{analyze，dry_run，qsub_script}
1）"analyze"：运行分析管道。2）"dry_run"：
遍历将要运行的所有步骤并打印出
命令行；但是，不要将
命令发送到要运行的系统。3）"qsub_脚本"：生成适合通过qsub命令发送到计算集群sge的bash脚本。（默认：
分析）
credits
----
-`distribute`\u
-`buildout`\u
-`modern package template`\u
_构建：http://www.buildout.org/
…_分发：http://pypi.python.org/pypi/distribute
…_`现代包模板`:http://pypi.python.org/pypi/modern package template
…图片：：https://d2weczhvl823v0.cloudfront.net/xguse/blacktie/trend.png
：alt:bitdeli badge
：target:https:。//Bitdeli.com/免费
…这是您的项目新闻文件，其中将包含发行说明。
。示例：http://www.python.org/download/releases/2.6/news.txt
。此文件的内容以及readme.rst将显示在您的
…项目的PYPI页面。
news
===
<0.2.1.2
——
*发布日期：2013-07-17*
*采用的版本号系统符合pep386
*这是一个热修复程序，可用于压缩GitHub问题中描述的错误：https://github.com/xguse/blacktie/issue s/10
**错误："module"对象在尝试设置队列时没有"poll"属性。
*快速修复方法是查找该异常，如果遇到致命异常，则不使用"pprocess"继续操作。
<0.2.1
--
*发布日期：2013-05-15*
*git标记："v0.2.1"
*添加了名为blacktie-c的新脚本ummerbund to run cummerbund
*在调用中添加了新类。py cummerbund call to use blacktie cummerbund script to add cummerbund plots to blacktie script
*检查r和rpy2安装
*如果找不到cummerbund r库，它会引导您完成安装过程
*``src/blacktie/utils/calls.py`:-修复了outdir尚未创建，但它仍在
*``examples/blacktie_config_example.yaml```:-添加了cummerbund_选项
*``requirements.txt`:-添加了rpy2
*更新的文档
<0.2.0rc1
--
*发布日期：2013-04-19*
*git标记："v0.2.0rc1"
*添加了对处理生物复制的支持cuffdiff运行。
*对yaml配置的主要更改：
*条件队列[index].group\u id-->；条件队列[index].experiment\u id
*添加条件队列[index].replicate\u id以跟踪复制数据
*条件队列[index].name现在表示"实验条件"的描述，将由复制共享。
>0.1.1
*Git Commit Sha摘要：9D7C02D5E7F4EC8970BB2291C36BB2291C3EB6FF8F4DBE542
*Git Tag:'v0.1.1'
>
*发布日期：2013-03-20*
>
>
>
>
><提交SHA摘要：808C11FB396C71AF55FF690FA6F2E628E5FFD758
*git标记："v0.1-dev"
*首先已上载到pypi
*此版本仍在积极开发中。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
