biop 0.1.dev3

开始

正在安装biop（使用conda）

$ git clone https://github.com/yfpeng/pengyifan-biop.git
$ cd pengyifan-biop
$ conda env create -f environment2.7.yml
$ source activate biop
$ python setup.py

编码bioc集合对象collection：

importbioj# Serialize ``PDocument`` to a BioP formatted ``str``.bioc.dumps(document)# Serialize ``PDocument`` as a BioP formatted stream to ``fp``.withopen(filename,'w')asfpbioc.dump(document,fp)

解码biop json文件：

importbiop# Deserialize ``fp`` to a BioP document object.withopen(filename,'r')asfp:biop.load(fp)

验证

要验证数据集格式，请运行

jsonschema -i tests/foo.json biop_schema.json

贡献

请阅读CONTRIBUTING了解有关我们的行为准则以及向我们提交请求的过程的详细信息。

开发人员

• 彭一帆（yifan.peng@nih.gov）

许可证

见LICENSE.txt。

致谢

我们感谢以下项目：BioC和Brat。