基因组学的nextflow流水线汇编程序。选择你的模块。把他们集合起来。运行管道。

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assemblerflow的Python项目详细描述


汇编流：whale2：：包：

nextflow-versionpython version构建状态codecovcodacy badgedocumentation statuspypinextflow基因组学流水线汇编程序。 选择你的模块。把他们集合起来。运行管道。

前提

建立管道

如果建立自己的基因组学管道简单到：

assemblerflow.py build -t "trimmomatic fastqc skesa pilon" -o my_pipeline.nf

看起来很简单对吧？如果我们可以利用 NextFlow和Docker的奇异性。 不需要安装任何管道依赖项的容器？

运行管道 
nextflow run my_pipeline.nf --fastq path/to/fastq

N E X T F L O W  ~  version 0.28.0
Launching `my_pipeline` [prickly_mcnulty] - revision: 041b7b793f

============================================================
                M Y   P I P E L I N E
============================================================
Built using assemblerflow v1.0.2

 Input FastQ                 : 2
 Input samples               : 1
 Reports are found in        : ./reports
 Results are found in        : ./results
 Profile                     : standard

Starting pipeline at Sun Apr 08 18:22:24 WEST 2018

[warm up] executor > local
[7c/eb5f2f] Submitted process > integrity_coverage_1_1 (02AR0553)
(...)
[31/7d90a1] Submitted process > compile_pilon_report_1_6

Completed at: Sun Apr 08 18:43:41 WEST 2018
Duration    : 21m 17s
Success     : true
Exit status : 0

恭喜你！你刚刚建立并执行了自己的管道 只有两个命令！塔达：

安装

AssemblerFlow作为Bioconda包提供，它已经带来了 下一个流量：

conda install assemblerflow

集装箱发动机

使用AssemblerFlow构建的管道至少需要一个容器 要安装的引擎，位于docker、singularity或shifter之间。 如果你已经安装了其中任何一个，你就可以走了。 如果没有，我们建议安装singularity，它也有一个bioconda 包装：

conda install singularity

如何使用

有关AssemblerFlow的完整用户指南，请访问阅读docs.org。 有关快速而不干净的演示，请参见下文。

快速指南

修建管道

assemblerflow附带了许多准备使用组件构建 拥有管道。遵循一些基本规则，例如一个进程的输出类型 必须与下一个进程的输入类型匹配，则完成管道的装配 使用build模式和-t选项：

assemblerflow build -t "trimmomatic spades abricate" -o my_pipeline.nf -n "assembly pipe"

此命令将生成运行 管道自动执行，但主管道可执行 文件将是my_pipeline.nf。此文件将包含下一个流管道 对于基因组组装，从三聚体开始，到抗微生物结束 使用缩写进行基因注释

等待…软件参数呢？

管道中的每个组件都有自己的一组参数，可以是 在执行管道之前或执行管道时修改。这些参数是 在每个过程的文档中描述，您可以检查选项 使用帮助选项：

nextflow my_pipeline.nf --help

N E X T F L O W  ~  version 0.28.0
Launching `my_pipeline.nf` [prickly_keller] - revision: 1b3fec5658

============================================================
                A S S E M B L Y   P I P E
============================================================
Built using assemblerflow v1.0.2


Usage:
    nextflow run my_pipeline.nf

       --fastq                     Path expression to paired-end fastq files. (default: fastq/*_{1,2}.*) (integrity_coverage)
       --genomeSize                Genome size estimate for the samples. It is used to estimate the coverage and other assembly parameters andchecks (default: 2.1) (integrity_coverage)
       --minCoverage               Minimum coverage for a sample to proceed. Can be set to0 to allow any coverage (default: 15) (integrity_coverage)
       --adapters                  Path to adapters files, if any (default: None) (trimmomatic)
       --trimSlidingWindow         Perform sliding window trimming, cutting once the average quality within the window falls below a threshold (default: 5:20) (trimmomatic)
       --trimLeading               Cut bases off the start of a read, if below a threshold quality (default: 3 (trimmomatic)
       --trimTrailing              Cut bases of the end of a read, if below a threshold quality (default: 3) (trimmomatic)
       --trimMinLength             Drop the read if it is below a specified length (default: 55) (trimmomatic)
       --spadesMinCoverage         The minimum number of reads to consider an edge in the de Bruijn graph during the assembly (default: 2) (spades)
       --spadesMinKmerCoverage     Minimum contigs K-mer coverage. After assembly only keep contigs with reported k-mer coverage equal or above this value (default: 2) (spades)
       --spadesKmers               If 'auto' the SPAdes k-mer lengths will be determined from the maximum read length of each assembly. If 'default', SPAdes will use the default k-mer lengths. (default: auto) (spades)
       --abricateDatabases         Specify the databases for abricate. (abricate)

此帮助消息是根据您构建的管道动态生成的。 由于此管道以接收fastq文件作为输入的trimmomatic开头， --fastq是用于提供成对结束fastq文件的默认参数。

运行管道

现在我们已经建立了下一个流管道，我们准备通过 提供输入数据。默认情况下，AssemblerFlow管道将在本地运行并使用 奇点运行每个组件的容器。这可以 以多种方式更改，但为了方便起见，AssemblerFlow已经定义 执行器和容器引擎的大多数配置的配置文件。

使用奇点在本地运行管道可以使用：

# Pattern for paired-end fastq is '<sample>_1.fastq.gz <sample>_2.fastq.gz'
nextflow run my_pipeline --fastq "path/to/fastq/*_{1,2}.*"

如果您想在一个集群中运行一个带有slurm和singularity的管道，只需使用 相应的配置文件：

nextflow run my_pipeline --fastq "path/to/fastq/*_{1,2}.*" -profile slurm_sing

在管道执行期间，每个组件的结果和报告 分别连续保存到results和reports目录中。

为什么不直接编写下一个流管道呢？

在许多情况下，构建一个静态nextflow管道就足以实现我们的目标。 然而，当我们建立自己的管道时，我们常常感到需要增加活力 尤其是考虑到新工具的出现速度 而现有的改变。我们的生物学目标也会随着时间的推移而改变， 可能需要不同的管道来回答不同的问题。汇编流生成 这非常容易，因为有一套预先制作好并准备好使用的组件可以 自由组装。

例如，改变基因组组装管道中的组装软件 简单到：

# Use spades
trimmomatic spades pilon
# Use skesa
trimmomatic skesa pilon

示例10

example21

example3

因为nextflow处理大型数据集的并行性很好，简单的管道 两个组件中的一个组件也可用于构建：

assemblerflow.py build -t "trimmomatic fastqc skesa pilon" -o my_pipeline.nf
2

随着现有组件数量的增加，您可以自由地构建管道。

开发人员指南

添加新组件

是否有要包含的缺少组件？我们会喜欢的 扩大！你可以在我们的 问题跟踪程序

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