Python中的高级规范化工具
antspyx的Python项目详细描述
Python中的高级规范化工具
关于ANTsPy
搜索ANTsPy documentation at read the docs.
< iTysIs> I/>是一个Python库，它覆盖C++生物医学图像处理库 ^ a7}， 与ANTsR的许多统计功能相匹配，并允许无缝集成 有了numpy，scikit learn，以及更大的Python社区。在
ANTsPy包含了极快的IO（比nibabel快40%，用于加载Nifti图像和 将它们转换为numpy数组）、注册、分割、统计学习， 可视化和其他有用的实用功能。在
< ExtIsI/< I>还为用户提供了一个低障碍的机会，以快速包装他们的 ITK（或一般C++）。 用Python编写代码，而不必从 scratch-请参阅C++ Wrap Guide以获得简洁的教程。在
如果您想为ANTsPy做出贡献，或者只是想了解包的体系结构 和包装工艺，请阅读广泛的contributors guide。在
如果您有任何问题或功能要求，请随时打开问题或给Nick发电子邮件（ncullen在pennmedicine dot upenn dot edu）。在
安装
我们建议用户安装最新的预编译二进制文件，这需要大约1分钟的时间。注意 ANTsPy目前还没有针对Python2.7支持进行测试。 复制以下命令并将其粘贴到bash终端：
对于MacOS：
pip install <link-to-release.whl>
对于Linux：
^{pr2}$如果您的平台没有版本，请使用：
git clone https://github.com/ANTsX/ANTsPy
cd ANTsPy
python3 setup.py install
如果您需要有关安装ANTsPy的详细说明，可以 阅读installation tutorial。在
注意：我们希望通过pip尽快发布。马上回来看看。在
ITK和VTK
Insight工具箱（ITK）
默认情况下，ANTsPy将通过检查ITK_DIR来搜索现有的ITK构建
环境变量已设置。如果不是的话
找到了，它会为你建造的。它不需要
它。在
可视化工具包（VTK）
默认情况下，ANTsPy将通过检查VTK_DIR来搜索现有的VTK构建
环境变量已设置。如果不是的话
找到了，它会为你建造的。它不需要
VTK公司。如果不需要VTK，那么将--novtk标志添加到setup（例如python setup.py install --novtk）。在
ANTsR比较
下面是一个简单的例子来说明与ANTsR的相似性：
ANTsR代码：
library(ANTsR)img<-antsImageRead(getANTsRData("r16"))img<-resampleImage(img,c(64,64),1,0)mask<-getMask(img)segs1<-atropos(a=img,m='[0.2,1x1]',c='[2,0]',i='kmeans[3]',x=mask)
ANTsPy代码：
importantsimg=ants.image_read(ants.get_ants_data("r16"))img=ants.resample_image(img,(64,64),1,0)mask=ants.get_mask(img)segs1=ants.atropos(a=img,m='[0.2,1x1]',c='[2,0]',i='kmeans[3]',x=mask)
教程
我们为新用户提供了许多教程：https://github.com/ANTsX/ANTsPy/tree/master/tutorials
生成文档
cd docs
sphinx-apidoc -o source/ ../
make html
参考文献
- 在
请参阅主ANTs page中的引用。在
在 - 在
Google scholar search reveals plenty of explanation of methods and evaluation results by ourselves
在 - 在 在
- 项目
标签：
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