命令行上的javascript脚本

Question

我在命令行中运行有问题

java -jar -Xmx20G ~/PaDEL-Descriptor/PaDEL-Descriptor.jar 
-removesalt -standardizenitro -standardizetautomers 
-fingerprints *name fo fingferprint* 
-dir ~/series_of_ligand.smi 
-file  ~/CHEMBL206_IC50_all-Descriptors/RESULT_*name fo fingferprint*.csv

fingferprint的名字是select fingerprint type（实际上我需要获得所有12个指纹）

我的问题是，无论我选择什么样的差异指纹，结果都是公开的

如何从命令行运行所有指纹类型

Answer 1

PaDEL Descriptor jar读取描述符。xml文件来计算描述符和指纹，默认情况下，只有PubchemFingerprinter的值为true。所以，你必须改变

(<Group name="Fingerprint">
        <Descriptor name="Fingerprinter" value="false"/>
        <Descriptor name="ExtendedFingerprinter" value="false"/>
        <Descriptor name="EStateFingerprinter" value="false"/>
        <Descriptor name="GraphOnlyFingerprinter" value="false"/>
        <Descriptor name="MACCSFingerprinter" value="false"/>
        <Descriptor name="PubchemFingerprinter" value="true"/>
        <Descriptor name="SubstructureFingerprinter" value="false"/>
        <Descriptor name="SubstructureFingerprintCount" value="false"/>
        <Descriptor name="KlekotaRothFingerprinter" value="false"/>
        <Descriptor name="KlekotaRothFingerprintCount" value="false"/>
        <Descriptor name="AtomPairs2DFingerprinter" value="false"/>
        <Descriptor name="AtomPairs2DFingerprintCount" value="false"/>
  </Group>)

描述符中的value=“false”到value=“true”。xml文件以及PaDEL描述符zip文件