java Tomcat应用程序无法看到我的$PATH变量

Question

有一个tomcat应用程序一直在我们的一台服务器上运行（由我们实验室的另一位不在的人编写）。我对tomcat及其工作原理知之甚少，但我已将问题缩小为两种解决方案

我在网页上看到的错误是：

爪哇。伊奥。IOException:无法运行程序“hmmtop”：错误=2，没有这样的文件或目录

服务器信息 Tomcat版本JVM版本JVM供应商OS名称OS版本OS架构 Apache Tomcat/6.0.26 1.6.0_65-b14-462-10M4609 Apple Inc.Mac OS X 10.6.8 x86_64

在os x更新之前，这个脚本运行良好。现在它找不到名为“hmmtop”的程序。这个程序“hmmtop”位于：/Users/saierlab/bin/hmmtop，而且确实存在

解决方案1） 我试图更改名为“myfile”的文件。java’使用绝对路径，现在看起来是这样的：

String command = "/Users/RAVEN/bin/hmmtop -if=" + this.fileName + ".fa";

此文件位于“/usr/local/tomcat/webapps/avehas/WEB-INF/classes”中 然而，当我改变它时，什么都没有反映出来。我不知道如何编译这些更改。我试着运行javarc myfile。java和它只是给了我数百个错误，所以我不认为这就是我如何处理的。请注意，我以前从未用过Tomcat

我没有原始WAR文件或任何东西，该目录中的内容是我所有关于这个特定程序的内容

解决方案2） 如果我不太明白如何重新编译这个脚本，有没有办法让Tomcat知道$PATH变量中的/Users/RAVEN/bin/目录

谢谢!