基于张量的图像分割我试图看到使用TensorFlow识别图像数据中特征的可行性。我有50x50px灰度图像的细胞核,我想分割-期望的输出将是0或1为每个像素。0为背景,1为核心。 示例输入:raw input data ...2024-05-20 已阅读: n次
去除像点和线这样的图像噪声我是OpenCV和Python的新手,在去除输入图像中的噪声时遇到了一个问题。我只想提取白细胞的细胞核,所以我使用加法来突出显示细胞核,并使用阈值法去除图像中的红细胞。我成功地去除了红细胞,但是血小板 ...2024-05-20 已阅读: n次
如何浏览PanNuke数据集? 我正在使用PanNuke:一个用于细胞核分割和分类的开放式泛癌组织学数据集 在这里我发现了masks.npy,一个大约10GB的数组,形状(2656256256,6)。现在我想探索一下,看看里面 ...2024-05-20 已阅读: n次
计算3D图像中的斑点(细胞核),vtk我正试图从使用vtk滤波器渲染的3D图像中计算细胞核。此处的图像是使用vtk.marchingcubes处理后的结果。vtk是否有任何内置功能来帮助计算图像中的斑点 我正在努力寻找好的资源,如果有人能 ...2024-05-20 已阅读: n次
在skimage或python中,对象凹度的度量我有一个代码,在某种程度上,我得到一组2D二进制numpy数组来表示对象,这些对象主要是椭圆和圆(细胞核) 我需要一个关于边缘粗糙程度的度量。病理学文献中有核轮廓指数:它是周长/sqrt(面积),但在 ...2024-05-20 已阅读: n次
如何计算细胞核数量?我正在使用python3.5和opencv3分析生物学中的细胞图片。我的照片是这样的: 我想计算出细胞核的面积和整个细胞的面积之比。在 在我的幻灯片中,细胞核是深紫色的,细胞的其他区域是浅蓝色的。还 ...2024-05-20 已阅读: n次
将单元分割结果转换为强度值表我正在尝试分割一个多路复用的细胞成像数据集。通常会得到一个二维的预测细胞/细胞核标签数组作为结果。用于说明输入和输出的图: 下一步是量化每个细胞的每个抗体/染色强度。不知何故,我没有看到任何教程中讨 ...2024-05-20 已阅读: n次
用OpenCV检测圆形区域(包含大量小对象)在原始图片中,我想检测圆形区域。(腺体)我设法了解了这些区域的轮廓,但由于有许多较小的物体(细胞核),我不能再进一步了。在 我最初的想法是使用cv2.connectedComponentsWithSt ...2024-05-20 已阅读: n次
基于A我目前正在进行一个项目,我必须区分正常细胞和患病细胞。我所看到的特殊异常表明细胞核应该有一个特定的区域,并且大部分是圆形的。我目前正在使用scipy,numpy和PIL来确定原子核的存在(见下图)…但 ...2024-05-20 已阅读: n次
dynamic-watershed动态流域 包装说明 我们实现了“组织病理学图像的神经网络核分割”中描述的核分裂算法。该算法本质上是一个动态分水岭。 主函数名为:post_process。 安装 动态分水岭可以通过解压缩一个目录中的源 ...2024-05-20 已阅读: n次
detsegtra 三维荧光微粒体数据中细胞核的检测、分割和跟踪工具 此包Python名称:detsegtra 目前版本: detsegtra 0.0.1a0 ...2024-05-20 已阅读: n次