将单元分割结果转换为强度值表

Question

我正在尝试分割一个多路复用的细胞成像数据集。通常会得到一个二维的预测细胞/细胞核标签数组作为结果。用于说明输入和输出的图：

下一步是量化每个细胞的每个抗体/染色强度。不知何故，我没有看到任何教程中讨论的这一方面。有没有合适的方法

更新：数据所代表的内容似乎有些混乱。在示例图像中，您正在尝试识别单个单元格。每个斑点都是一个细胞。每个细胞都有不同的标签。预测是由标签着色的。您需要确定每个单元格的亮度。这是一个example workflow

Answer 1

如果每个标签都有一个[x，y]数组，则迭代该数组，计算原始图像中像素亮度的平均值

for label in array:
    intensities = []
    for coordinate in label:
        intensities.append(original_image[coordinate[0], coordinate[1]])
    cell_bright = np.mean(intensities)
    # Use or store cell_bright