Python3.4字典输出不同于Python2.7我只是在学习Python,所以如果我完全遗漏了一些东西,我不会感到惊讶。这是一个BAM格式的序列文件,通过从pysam获取读取。在python3.4中的python2.7中所有的东西都可以工作这段代码 ...2024-05-21 已阅读: n次
我怎样才能阻止python加载“错误”的包?显然,在我们的Python/2.7.2环境中加载了一个名为CrossMap的包,它作为子包有tabix。当我启动这个版本的python和import tabix时,tabix显示:/hpcf/apps ...2024-05-21 已阅读: n次
Python错误:OSError:打开文件时出错`all_fprau.fasta公司`. 文件太大?我有一个搜索csv文件和fasta文件的脚本,两个文件中的任何ID都将用于从fasta文件中提取fasta序列。看起来是这样的: import os import shlex import subpr ...2024-05-21 已阅读: n次
有没有办法将整个"对齐字段/列"保存到NumPy数组中使用Samtools?在SAM格式中,每条对齐线表示线段的线性对齐,每条线有11个必填字段,即QNAME、FLAG、RNAME、POS、MAPQ等 假设我想要一个给定BAM文件中所有“QNAMES”的NumPy数组。或者, ...2024-05-21 已阅读: n次
pysam模块导入结果正在努力定义导致此错误的原因。在 安装了anaconda并使用conda install pysam,工作了一段时间,但突然得到这个错误 >>> import pysam Trace ...2024-05-21 已阅读: n次
BAM文件:使用pysam获取特定位置上的所有读取我有一个BAM文件,在某个位置有520817个读取(如IGV中所示)。然而,当我使用pysam来获取读名称和特定位置上的相关核苷酸时,到目前为止我还没有得到这个数量(只得到大约7000个读取)。我想只 ...2024-05-21 已阅读: n次
Python中用于从列中筛选值的命令行选项我想用Python为我正在处理的制表符分隔的文件编写一个函数,从列中筛选出值,并在运行脚本时将该参数作为命令行选项。在 因此,如果限制为10,则过滤掉值小于10的所有行。 另外,我想检查输入的数字是否 ...2024-05-21 已阅读: n次
Python使用一对迭代器我试图在pysam module的上下文中理解Python的迭代器。通过对所谓的AlignmentFile类使用fetch方法,可以得到一个由文件file中的记录组成的适当的迭代器iter。我可以使用 ...2024-05-21 已阅读: n次
Python ray get TypeError:由于非平凡的cinit,没有默认值__我正在尝试创建一个pysam脚本,该脚本返回唯一的读取和%GC,其中一部分是创建一个从每个染色体读取的列表(因为我以后需要读取每个染色体以用于其他目的)。为了节省时间,我希望脚本使用ray在4个线程中 ...2024-05-21 已阅读: n次
在Python中,`pip r要求.txt`不以递归方式*安装包?我使用的是python3.5.1和pip7.1.2: pip3 --version pip 7.1.2 from /Library/Frameworks/Python.framework/Versio ...2024-05-21 已阅读: n次
在python中,使用os.system调用一个模块,然后根据模块调用一个python模块。我正在写一个python脚本。你知道吗 这里的最终目标就是导入pysam。但是,要做到这一点,首先我要导入一套名为galaxy的工具,pysam就是其中之一。你知道吗 如果在命令行上我首先加载gala ...2024-05-21 已阅读: n次
Python模块包_资源。要求()我在加载python模块的正确版本时遇到问题。我没有管理员权限,因此安装在$PYTHONHOME和$PYTHONPATH下的内容是只读的。不幸的是,驻留在那里的模块版本错误。我有正确的版本在/some ...2024-05-21 已阅读: n次
BioUtil这是用于bioinfomatics文件访问的脚本和模块的集合 模块、类和函数 xzfile,xzopen() 访问各种压缩文件,当前重新组织gzip(.gz), samtools包中的bz2(.b ...2024-05-21 已阅读: n次
sixgill 六吉尔 lc-ms/ms的六框架基因组推断文库 什么是Sixgill? Sixgill是一个使用鸟枪基因组测序读取的工具 构建“元肽”数据库:短蛋白片段 LC-MS/MS元蛋白质组学数据的数 ...2024-05-21 已阅读: n次
cellSNcellsnp的目的是将单细胞或体rna序列中表达的等位基因重叠。 数据,可直接用于多工单体的施主反褶积- 细胞rna序列数据,特别是cardelinor包中的vireo,其中 将细胞分配给捐赠者并检 ...2024-05-21 已阅读: n次
metametametameta不完整且处于非活动状态。不要使用。 目的 分析元转录组/元基因组图谱数据的工具包 需求 python 3.4或更高版本 Pysam 0.8.2.1或更高 安装 “pip安 ...2024-05-21 已阅读: n次
pysampysam-一个用于读取、操作和编写的python模块 基因组数据集。 pysam是htslib c-api的轻量级包装器,它提供 读写SAM/BAM/VCF/BCF/BED/GFF/GTF/FAST ...2024-05-21 已阅读: n次
NREL-PySAM-stubs这里的文档:https://pysam-docs.readthedocs.io/en/latest/ 在sam库周围提供一个包装器,该包装器按技术或财务模型将c api函数分组到模块中。 包括错误检 ...2024-05-21 已阅读: n次
NREL-PySAM这里的文档:http://nrel-pysam.readthedocs.io 在sam库周围提供一个包装器,该包装器按技术或财务模型将c api函数分组到模块中。 包括错误检查、显式输入和输出定义以 ...2024-05-21 已阅读: n次
pysamiterators pysam相关迭代器 此包Python名称:pysamiterators 目前版本: pysamiterators 1.5 最后维护 ...2024-05-21 已阅读: n次