从包含唯一分子标识符的Fastq文件中删除PCR重复项我正在尝试编辑一个Fastq文件,其中包含基因组数据和每个序列的独特分子标识符。在 前两次读取的示例如下所示: 1 @HISEQ:230:C6G45ANXX:3:1101:1395:2141 1:N: ...2024-05-18 已阅读: n次
如何从这两个字符串中提取字符串信息?我想编写一个正则表达式代码,从这两个字符串中提取字符串: string1 = '@HISEQ:625:HC2T5BCXY:1:1101:1177:2101' string2 = '@SRR721601 ...2024-05-18 已阅读: n次
如何在python中编辑文本(.fastq)文件我有一个类似下面这个小例子的文件。每4行都与一个ID相关。每个ID的第二行以N开头。我想删除这些行开头的N,其他内容都将保持不变。 我想用python实现。你知道怎么做吗?在 示例: @SRR2163 ...2024-05-18 已阅读: n次
bbcu.reportIlluminaInterop包装:bbcu.reportilluminainterop 该包创建包含排序运行统计信息的文件(illumina的hiseq或nextseq机器)。 run命令是: run-sav-stat.py–输 ...2024-05-18 已阅读: n次
varlens 变透镜 用于处理基因组变体和 下一代测序读取。对于大型数据集来说不是特别快。这个 重点是将所需的内容从BAMS和VCF提取到CSV文件中 进一步分析。 建立在varcode和pysam上。 可变 ...2024-05-18 已阅读: n次