Python库参考/Usag

Question

我试着用BioPython软件包中的一种方法来计算给定肽列表的等电点。分类如下：

http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis-class.html#isoelectric_point

为了将这个类导入到我的环境中，我使用以下代码（我做得对吗？）地址：

from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis

然后，要调用该方法，我将执行以下操作：

window_aas = "ditkdteneveadveveadveveadvseql";
ProteinAnalysis.isoelectric_point(window_aas);

但是，我得到了以下错误，我不知道如何解释它，尽管多次搜索类似的错误：

File "C:\Users\----\AppData\Local\Programs\Python\Python36-32\lib\site-packages\Bio\SeqUtils\ProtParam.py", line 68, in count_amino_acids if self.amino_acids_content is None: AttributeError: 'str' object has no attribute 'amino_acids_content'

有人能给我指引正确的方向吗？另一个类也称为等电点，但我看不到其中的方法：

http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint-module.html

Answer 1

ProteinAnalysis是一个类。您在代码中所做的是尝试直接调用该类中的方法。在Python中，这样一个函数的第一个参数是class对象，但是您要传入一个字符串（window_aas）。使用此api的正确方法是首先创建类对象：

protein_analysis = ProteinAnalysis(window_aas)

然后你就可以打电话了

protein_analysis.isoelectric_point()

您可以在online docs中阅读更多关于这一切是如何工作的。你知道吗

Answer 2

看起来isoelectric_point是一个实例方法，所以需要先创建一个实例：

analysis = ProteinAnalysis(window_aas)
analysis.isoelectric_point()