我有几个Fastq文件,在这些文件中,我偶尔会丢失数据行。例如,这里是一个正确的阅读与所有四行
@M01698:289:000000000-AVDJ5:1:1101:15411:3896 1:N:0:GTGAATCC+TCCAGGTA
CGCGGCGATGGCGGAGCTGAATTACATTCCCAAC
+
GGGGGGGGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHG
然后下一次读取只有两行,没有序列和质量分数数据
@M01698:289:000000000-AVDJ5:1:1101:19764:3903 1:N:0:GTGAATCC+TCCAGGTA
+
有没有办法找到这些具体的,不完整的阅读和简单地添加一个空行上面和下面,使之成为一个完整的阅读?你知道吗
g=open(New file,"w")
while True:
ID = f.readline()
if ID == '':
break
seq = f.readline()
ID2 = f.readline()
qs = f.readline()
if seq.contains("+"):
newseq=seq.replace("/n" "+" "/n")
else:
newseq=seq
g.write(ID)
g.write(newseq)
g.write(ID2)
g.write(qs)
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