如果不重写Python/Perl脚本，我将如何在bash脚本中将输出管道连接在一起？

Question

我有以下Perl脚本（尽管这适用于Python和其他脚本语言）：script1.pl、script2.pl、script3.pl

按照编写这些脚本的方式，用户使用输入标志执行它们，输出是保存的文件。你知道吗

perl script1.pl --i input1.tsv   ## this outputs the file `outputs1`
perl script2.pl --i outputs1     ## this outputs the file `outputs2`
perl script3.pl --i outputs2     ## this outputs the file `final_output`

（对于Python，这是python script1.py）

现在，我想创建一个可执行的bash脚本，允许用户简单地使用input1并获得final_output返回的输出。你知道吗

下面是我如何使用一个perl脚本execute.sh来实现这一点：

#!/bin/sh

source ~/.bash_profile

FLAG1="--i=$1"

perl script1.pl $FLAG1

可以在命令行execute.sh input1.tsv上运行

以我的三个脚本为例，如何将中间输出导入中间脚本以创建一个execute.sh脚本，例如outputs1到script2.pl，然后outputs2到scripts3.pl，等等。？你知道吗

我有没有办法不用重写perl/python脚本就可以做到这一点？你知道吗

编辑：附加信息：问题是我实际上不知道输出是什么。文件名将根据原始inputs1.tsv进行更改。现在，我确实知道输出的文件扩展名。但是outputs1和outputs2具有相同的文件扩展名。你知道吗

Answer 1

对于这种情况的最佳实践是从stdin读取脚本并将其写入stdout。在这种情况下，通过管道将它们连接起来变得非常容易，如下所示：

perl script1.pl < input1.tsv | perl script2.pl | perl script3.pl

在您的情况下，您可以编写这样的脚本：

#!/bin/sh
perl script1.pl  i input1.tsv
perl script2.pl  i outputs1 
perl script3.pl  i outputs2

虽然不太理想，但它可以满足你的需要。它将读取input1.tsv，并写入outputs3。你知道吗

Answer 2

您的问题不是这样说的，但是假设您可以使用 o标志指定输出文件：

perl script1.pl  i input1.tsv  o /dev/stdout | perl script2.pl  i /dev/stdin  o /dev/stdout | perl script3.pl  i /dev/stdin  o final_output

/dev/stdin和/dev/stdout是神奇的unix文件，分别写入进程stdin和stdout。你知道吗