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格雷普突然停了下来
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<p>我试图用Python解析一个文件,使用grep,但它总是停在同一行,我能够理解为什么。我试过三种不同的方法:</p> <pre><code>process = os.popen("grep -A1 "+name+" "+new_hairpins+" | grep -oE '.{0,6}"+seq+".{0,6}'") results = process.readlines() process.close() </code></pre> <p>那么</p> <pre><code>process = subprocess.Popen("grep -A1 "+name+" "+new_hairpins+" | grep -oE '.{0,6}"+seq+".{0,6}'",stdout=PIPE, stderr=PIPE, shell=True) process.wait() process_result = process.communicate() results = filter(None, process_result[0].split("\n")) </code></pre> <p>通过临时文件</p> <pre><code>os.system("grep -A1 "+name+" "+new_hairpins+" | grep -oE '.{0,6}"+seq+".{0,6}' > tmp.txt") with open("tmp.txt","r") as f : results = f.readlines() </code></pre> <p>但是脚本总是在同一行失败。 我直接在bash中手动尝试了这一行,它成功了。。。。!你知道吗</p> <p>那么这可能是grep的内存问题吗?我该如何解决这个问题呢? 谢谢!你知道吗</p>
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匿名
1天前
擅长:python、mysql、java
<p>您需要引用命令行参数,因为两者之间有空格:</p> <pre><code>"grep -A1 '"+name+" "+new_hairpins+"' | grep .... ^ ^ </code></pre> <p>否则,<code>name</code>,<code>new_hairpins</code>将被视为独立的参数。你知道吗</p>
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