格雷普突然停了下来

Question

我试图用Python解析一个文件，使用grep，但它总是停在同一行，我能够理解为什么。我试过三种不同的方法：

process = os.popen("grep -A1 "+name+" "+new_hairpins+" | grep -oE '.{0,6}"+seq+".{0,6}'")
results = process.readlines()
process.close()

那么

process = subprocess.Popen("grep -A1 "+name+" "+new_hairpins+" | grep -oE '.{0,6}"+seq+".{0,6}'",stdout=PIPE, stderr=PIPE, shell=True)
process.wait()
process_result = process.communicate()
results = filter(None, process_result[0].split("\n"))

通过临时文件

os.system("grep -A1 "+name+" "+new_hairpins+" | grep -oE '.{0,6}"+seq+".{0,6}' > tmp.txt")
with open("tmp.txt","r") as f :
    results = f.readlines()

但是脚本总是在同一行失败。 我直接在bash中手动尝试了这一行，它成功了。。。。！你知道吗

那么这可能是grep的内存问题吗？我该如何解决这个问题呢？ 谢谢！你知道吗

Answer 1

我终于发现了问题：是我的错！你知道吗

我意识到我在grep中使用的文件new_hairpins和我之前在代码中生成的文件不是用.close（）关闭的。。。。你知道吗

当它在1879年的第一行工作时，我不认为问题可能来自这个文件。。。你知道吗

不管怎样，谢谢你们的帮助！你知道吗

Answer 2

您需要引用命令行参数，因为两者之间有空格：

"grep -A1 '"+name+" "+new_hairpins+"' | grep ....
          ^                         ^

否则，name，new_hairpins将被视为独立的参数。你知道吗