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如何将文件中的行字符读入矩阵?
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<p>我有一个序列如下的文件:</p> <pre><code>>info ATG >info GA >info TTAG >info ATTTT </code></pre> <p>我想把它读入矩阵:</p> <pre><code>matrix[0][0]=A , matrix[0][1]=T, matrix[0][2]=G matrix[1][0]=G , matrix[1][1]=A matrix[2][0]=T , matrix[2][1]=T, matrix[2][2]=A , matrix[2][3]=G ETC... </code></pre> <p>这在Python(pycharm)中是可能的吗?如果是,我怎么能做到呢?你知道吗</p> <p>迄今为止的新代码:</p> <pre><code>def read(sek): listA=[] regex = re.compile(r"[;>](?P<description>[^\n]*)\n(?P<sequence>[^;>]+)") with open(sek, "r") as file: seq = regex.findall(file.read()) for i, info in enumerate(seq): description, sequence = info for j < len(sequence): listA[i][j]= sequence j=j+1 i=i+1 file.close() return(listA) read('sequence1.FASTA') </code></pre> <p>新错误消息:语法错误:无效语法</p> <p>((原始文件有描述行,但我已经有了解决方案,所以我没有在这个问题中编写它))</p>
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匿名
1天前
擅长:python、mysql、java
<pre><code>for j < len(sequence): </code></pre> <p>应该是</p> <pre><code>while j < len(sequence): </code></pre> <p>来解决你的语法错误。你知道吗</p>
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