我有一个序列如下的文件:
>info
ATG
>info
GA
>info
TTAG
>info
ATTTT
我想把它读入矩阵:
matrix[0][0]=A , matrix[0][1]=T, matrix[0][2]=G
matrix[1][0]=G , matrix[1][1]=A
matrix[2][0]=T , matrix[2][1]=T, matrix[2][2]=A , matrix[2][3]=G
ETC...
这在Python(pycharm)中是可能的吗?如果是,我怎么能做到呢?你知道吗
迄今为止的新代码:
def read(sek):
listA=[]
regex = re.compile(r"[;>](?P<description>[^\n]*)\n(?P<sequence>[^;>]+)")
with open(sek, "r") as file:
seq = regex.findall(file.read())
for i, info in enumerate(seq):
description, sequence = info
for j < len(sequence):
listA[i][j]= sequence
j=j+1
i=i+1
file.close()
return(listA)
read('sequence1.FASTA')
新错误消息:语法错误:无效语法
((原始文件有描述行,但我已经有了解决方案,所以我没有在这个问题中编写它))
以下内容将从文本文件加载数据:
这将显示以下输出:
或者,如果您更喜欢使用正则表达式,则以下操作也应该起作用:
注意,如果文件很大,第一个版本可以避免一次将整个文件加载到内存中,但速度可能会慢一些。你知道吗
应该是
来解决你的语法错误。你知道吗
您可以使用列表:
您可以这样简单地创建矩阵:
在代码中,def块需要缩进,就像while、for、if等
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