按索引/位置将整个DNA文件切片为固定长度的子字符串

Question

我是python的新手，我正在编写代码来切割DNA序列。 其思想是：首先计算文本文件中的序列长度，然后将序列分割成长度为5的子串。最后将每个子串写入输出文本文件中的一行。你知道吗

我不知道如何从每个长度相同的字符中分割序列，假设文本文件包含[ACTGTATGCATACACGTA…]结果应该是ACTGT，CTGTA，TGTAT。。。你知道吗

我需要有关增量循环函数的帮助，该函数可以帮助按索引/位置分割/切片

Answer 1

试试这个：

st = "ACTGTATGCATACACGTA"
for i in range(0,len(st[:-4])):
    print(st[i:i+5])

O/p将类似于：

ACTGT CTGTA TGTAT GTATG TATGC ATGCA TGCAT GCATA CATAC ATACA TACAC ACACG CACGT ACGTA

Answer 2

使用textwrap将输入字符串拆分为块，然后将它们写入newfile.txt：

import textwrap

s = 'ACTGTATGCATACACACTGT'  # your input DNA sequence
splitted = textwrap.wrap(s, 5)  # split it to 5-char substrings

with open('newfile.txt', 'w') as f:  # write to a text file
    for line in splitted:
        f.write(line + '\n')  # one substring = one line

输出文件：

ACTGT
ATGCA
TACAC
ACTGT