更新先前存在的列表以避免O（n^2）

Question

我想创建一个新函数neighbor_trial(atomlist,trialatom)，它将在O(n)而不是neighbor(atomlist)（O(n^2)时间）中运行。我只需更新上一次运行neighbor(atomlist)的结果就可以实现这一点。trialatom是移动的原子，atomlist中的所有其他原子都不移动。你知道吗

背景：

atomlist是Atom类的实例列表。Atom对象有一个函数atom1.is_neighbor(atom2)，它检查atom2是否是atom1的最近邻居。如果是，则将atom2添加到atom1.nrst列表中。一个原子最多只能有12个唯一的最近邻，不能包含自己。你知道吗

问题：

neighbor正确更新了每个人的atom列表，但速度很慢（必须多次重新运行）。但是，neighbor_trial没有正确更新。必须检查每个atom的nrst邻居，看看trialatom现在是否是邻居，以及重新创建atom的nrst列表，该nrst列表的nrst列表被擦除。你知道吗

def neighbor(atomlist): 
    cdef int i, j
    for atom in atomlist:  
        atom.nrst=[]   #Unnecessarily deletes every atom's nrst! 
    for i in range(len(atomlist)):
        for j in range(i+1,len(atomlist)):
            if atomlist[i].is_neighbour(atomlist[j]):
                atomlist[i].nrst.append(atomlist[j])
                atomlist[j].nrst.append(atomlist[i])

def neighbor_trial(atomlist,trialatom):
    cdef int i, j
    redoo_list=[]
    for atom in trialatom.nrst:
        atom.nrst=[]            #Only trialatom and its neighbours' nrst list are wiped!
        redoo_list.append(atom)
    trialatom.nrst = []
    redoo_list.append(trialatom)
    for i in range(len(atomlist)):
        for j in range(len(redoo_list)):
            if atomlist[i] != redoo_list[j]:
                if atomlist[i].is_neighbour(redoo_list[j]):
                    redoo_list[j].nrst.append(atomlist[i])