为了便于使用和与另一个下游管道兼容,我尝试使用biopython更改fastq序列id的名称。例如。。。从如下标题开始:
@D00602:32:H3LN7BCXX:1:1101:1205:2112 OP:i:1
@D00602:32:H3LN7BCXX:1:1101:1205:2112 OP:i:2
@D00602:32:H3LN7BCXX:1:1101:1182:2184 OP:i:1
@D00602:32:H3LN7BCXX:1:1101:1182:2184 OP:i:2
到如下所示的标题:
@000000000000001 OP:i:1
@000000000000001 OP:i:2
@000000000000002 OP:i:1
@000000000000002 OP:i:2
我有一些代码,但我似乎不能得到交替头倒计时(即1,1,2,2,3,3等)
任何帮助都将不胜感激。谢谢。你知道吗
from Bio import SeqIO
import sys
FILE = sys.argv[1]
#Initialize numbering system at one
COUNT = 1
#Create a new dictionary for new sequence IDs
new_records=[]
for seq_record in SeqIO.parse(FILE, "fastq"):
header = '{:0>15}'.format(COUNT)
COUNT += 1
print(header)
seq_record.description =
seq_record.description.replace(seq_record.id, "")
seq_record.id = header
new_records.append(seq_record)
SeqIO.write(new_records, FILE, "fastq")
*seq\ u记录不包含“OP:i:1”信息
假设您希望复制所有标签,您所要做的就是将count除以复制的数量,并返回向下舍入的值,如下所示。你知道吗
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