Python中文
首页
教程
问答
标签
搜索
登录
注册
NGSLIB包安装错误
回答此问题可获得
20
贡献值,回答如果被采纳可获得
50
分。
<p>我正在尝试为OnContator 1.9.5.0安装ngslib python包。但每次安装失败,由于某种原因(如下所述)。我试过所有可能的方法,比如</p> <pre><code>pip install ngslib </code></pre> <p>直接或间接</p> <pre><code>python -m pip install --upgrade pip pip install ngslib </code></pre> <p>或者</p> <pre><code>git clone https://github.com/tsznxx/ngslib </code></pre> <p>每次出现以下错误时:</p> <pre class="lang-none prettyprint-override"><code>Collecting ngslib Using cached ngslib-1.1.20.tar.gz Complete output from command python setup.py egg_info: Compile KentLib ... cd lib && make make[1]: Entering directory `/tmp/pip-build-d1JyTR/ngslib/external/KentLib/lib' gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 chainToPsl.c -o chainToPsl.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 vGfx.c -o vGfx.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 psPoly.c -o psPoly.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 obscure.c -o obscure.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 mgTimes14.c -o mgTimes14.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 fuzzyShow.c -o fuzzyShow.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 sqlList.c -o sqlList.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 seqOut.c -o seqOut.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 verbose.c -o verbose.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 memgfx.c -o memgfx.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 tabRow.c -o tabRow.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 phyloTree.c -o phyloTree.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 servmsII.c -o servmsII.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 vPng.c -o vPng.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 servcl.c -o servcl.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 xa.c -o xa.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 mgTimes12.c -o mgTimes12.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 hmmstats.c -o hmmstats.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 mgTimes8.c -o mgTimes8.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 bwgQuery.c -o bwgQuery.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 numObscure.c -o numObscure.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 jpegSize.c -o jpegSize.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 rbTree.c -o rbTree.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 seqStats.c -o seqStats.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 axt.c -o axt.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 chain.c -o chain.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 chainBlock.c -o chainBlock.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 snof.c -o snof.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 snofmake.c -o snofmake.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 ffAli.c -o ffAli.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 mgHelvetica10.c -o mgHelvetica10.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 rnautil.c -o rnautil.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 seg.c -o seg.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 htmlPage.c -o htmlPage.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 gemfont.c -o gemfont.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 peakCluster.c -o peakCluster.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 repMask.c -o repMask.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 gff3.c -o gff3.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 apacheLog.c -o apacheLog.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 dnaseq.c -o dnaseq.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 twoBit.c -o twoBit.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 diGraph.c -o diGraph.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 mgCourier8.c -o mgCourier8.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 aliType.c -o aliType.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 spacedColumn.c -o spacedColumn.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 cirTree.c -o cirTree.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 sqlNum.c -o sqlNum.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 splatAli.c -o splatAli.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 hash.c -o hash.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 snofsig.c -o snofsig.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 gfNet.c -o gfNet.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 mgHelvetica14.c -o mgHelvetica14.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 boxLump.c -o boxLump.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 fixColor.c -o fixColor.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 linefile.c -o linefile.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 md5.c -o md5.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 dlist.c -o dlist.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 jointalign.c -o jointalign.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 bPlusTree.c -o bPlusTree.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 trix.c -o trix.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 mgCourier18.c -o mgCourier18.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 rangeTree.c -o rangeTree.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 itsa.c -o itsa.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 mgHelvetica34.c -o mgHelvetica34.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 mafFromAxt.c -o mafFromAxt.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 mgSixhi6.c -o mgSixhi6.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 kxTok.c -o kxTok.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 pslGenoShow.c -o pslGenoShow.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 spacedSeed.c -o spacedSeed.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 options.c -o options.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 oldGff.c -o oldGff.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 servcis.c -o servcis.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 mgHelveticaBold34.c -o mgHelveticaBold34.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 psGfx.c -o psGfx.o gcc -c -fPIC -Wall -I../inc -DMACHTYPE_x86_64 pngwrite.c -o pngwrite.o pngwrite.c:7:87: error: png.h: No such file or directory pngwrite.c:13: error: expected ‘)’ before ‘png’ pngwrite.c:19: error: expected ‘)’ before ‘png’ pngwrite.c: In function ‘mgSaveToPng’: pngwrite.c:34: error: ‘png_structp’ undeclared (first use in this function) pngwrite.c:34: error: (Each undeclared identifier is reported only once pngwrite.c:34: error: for each function it appears in.) pngwrite.c:34: error: expected ‘;’ before ‘png’ pngwrite.c:37: error: ‘png’ undeclared (first use in this function) pngwrite.c:42: error: ‘png_infop’ undeclared (first use in this function) pngwrite.c:42: error: expected ‘;’ before ‘info’ pngwrite.c:43: error: ‘info’ undeclared (first use in this function) pngwrite.c:46: warning: implicit declaration of function ‘png_destroy_write_struct’ pngwrite.c:52: warning: implicit declaration of function ‘png_jmpbuf’ pngwrite.c:62: warning: implicit declaration of function ‘png_init_io’ pngwrite.c:68: warning: implicit declaration of function ‘png_set_IHDR’ pngwrite.c:69: error: ‘PNG_COLOR_TYPE_PALETTE’ undeclared (first use in this function) pngwrite.c:69: error: ‘PNG_INTERLACE_NONE’ undeclared (first use in this function) pngwrite.c:70: error: ‘PNG_COMPRESSION_TYPE_DEFAULT’ undeclared (first use in this function) pngwrite.c:70: error: ‘PNG_FILTER_TYPE_DEFAULT’ undeclared (first use in this function) pngwrite.c:71: warning: implicit declaration of function ‘png_set_PLTE’ pngwrite.c:72: error: ‘png_color’ undeclared (first use in this function) pngwrite.c:72: error: expected expression before ‘)’ token pngwrite.c:80: error: ‘png_byte’ undeclared (first use in this function) pngwrite.c:80: error: expected ‘;’ before ‘opacities’ pngwrite.c:81: error: ‘opacities’ undeclared (first use in this function) pngwrite.c:82: error: ‘png_color_16p’ undeclared (first use in this function) pngwrite.c:82: error: expected ‘;’ before ‘nonPalette_opacities_values’ pngwrite.c:83: warning: implicit declaration of function ‘png_set_tRNS’ pngwrite.c:83: error: ‘nonPalette_opacities_values’ undeclared (first use in this function) pngwrite.c:91: error: ‘row_pointers’ undeclared (first use in this function) pngwrite.c:91: error: expected expression before ‘)’ token pngwrite.c:95: warning: implicit declaration of function ‘png_set_rows’ pngwrite.c:96: warning: implicit declaration of function ‘png_write_png’ pngwrite.c:96: error: ‘PNG_TRANSFORM_IDENTITY’ undeclared (first use in this function) make[1]: *** [pngwrite.o] Error 1 make[1]: Leaving directory `/tmp/pip-build-d1JyTR/ngslib/external/KentLib/lib' make: *** [all] Error 2 ['-c', 'egg_info', '--egg-base', 'pip-egg-info'] ERROR: Compiling KentLib error! ---------------------------------------- Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip- build-d1JyTR/ngslib/ </code></pre> <p>一开始它很好,但后来在<code>setup.py</code>中出现了一个错误。<strong>大多数时间在<code>png.h</code>文件中</strong>。你知道吗</p> <p>如何为OnContator(用于注释目的的包)安装ngslib(特别是1.1.9)?我正在使用oraclelinuxserver和python2.7</p> <p>谢谢。你知道吗</p>
0 条评论
分类:
Python问答
请先
登录
后评论
默认排序
时间排序
1 个回答
匿名
1天前
擅长:python、mysql、java
<p>如果是那个文件,可能是你没有gcc编译器</p>
请先
登录
后评论
针对此问题:
更多的回答
关注
89
关注
收藏
1
收藏,
216
浏览
网友 提问于 2天前
相关Python问题
如何在python中从数据帧列中删除分类值?
1 回答
如何在python中从数据帧列表中删除引号
1 回答
如何在python中从数据帧创建列表
6 回答
如何在Python中从数据帧创建嵌套的JSON
10 回答
如何在Python中从数据帧显示wordcloud
9 回答
如何在Python中从数据帧的时间戳中删除字符
8 回答
如何在Python中从数据帧绘制简单绘图?
9 回答
如何在python中从数据帧行提取具有特定长度的范围?
8 回答
如何在python中从数据帧设置dict中的值
1 回答
如何在Python中从数据库中获得一个结果
6 回答
如何在python中从数据框中绘制分类条形图
2 回答
如何在Python中从数据框中选择特定细节?
9 回答
如何在python中从数据集中删除unicode
5 回答
如何在python中从数据集中删除某些数值?
9 回答
如何在python中从数据集中选择行
2 回答
如何在Python中从数组中删除元素
2 回答
如何在python中从数组中删除单个倒逗号?
9 回答
如何在python中从数组中删除对象?
4 回答
如何在python中从数组中删除引号
3 回答
如何在python中从数组中删除所有最小值
10 回答