如何使用压缩的PyTables CArray和R？

Question

我用PyTables创建了一个压缩的CArray：

f = tables.openFile('/myPath/test.h5', 'w')
atom = tables.Atom.from_dtype(myNumpyArray.dtype)
ds = f.createCArray(f.root, 'myArray', atom, myNumpyArray.shape, filters=tables.Filters(5, 'blosc'))
ds[:] = myNumpyArray
f.close()

如何将数组加载到R中？我尝试了“rhdf5”包，但出现以下错误：

Error in H5Dread(h5dataset = h5dataset, h5spaceFile = h5spaceFile, h5spaceMem = h5spaceMem, : HDF5. Dataset. Read failed.

有没有可能在R中使用这种数组？如果是，是否可以只加载阵列的一部分而不加载整个阵列？ 希望有人能帮我。非常感谢。你知道吗

Answer 1

PyTables存储了元数据。您将需要一个自定义函数，请参阅

https://support.bioconductor.org/p/64483

详情。你知道吗