我是sbml的新手,我真的很困惑。你知道吗
我想和龙格库塔一起解一首颂歌。ODE存储在SBML文件中。 文件的一部分如下所示
<listOfReactions>
<reaction id="growth_P" reversible="false" fast="false">
<listOfReactants>
<speciesReference species="P" constant="false"/>
</listOfReactants>
<listOfProducts>
<speciesReference species="P" constant="false"/>
</listOfProducts>
<kineticLaw>
<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
<apply>
<times/>
<ci> Rp </ci>
<ci> P </ci>
</apply>
</math>
<listOfLocalParameters>
<localParameter id="Rp" value="1" units="per_second"/>
</listOfLocalParameters>
</kineticLaw>
</reaction>
....
</listOfReactions>
这应该描述反应dP/dt=Rp*p
我的问题来了。我不知道如何将SBML公式转换成我的程序可以处理的公式(Python/C++,无论什么)
所以最好的选择是这样一个函数
Product = evaluate_sbml_formula(formula,value_of_reactant)
我阅读了sbml文档,但没有找到它。你知道吗
你有什么建议吗? 谢谢
sbml片段有点不寻常。反应物和产物都是P,因此反应是P->;P。这意味着P的变化率为零,即
dp/dt=0
在这种情况下,利率定律是什么并不重要。你知道吗
如果看不到整个SBML文件,就很难构造一组ODE来求解。在我的python课程(1)中,我使用libSBML(作为pypi/anaconda包提供)用python解决SBML文件。这里有一个指向将SBML转换为ODE的文件的链接,然后用scipy解决:
https://www.dropbox.com/s/2bfpiausejp0gd0/convert_reactions.py?dl=0
我希望这有帮助
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