我正在尝试用python打印pdb输入文件中的预定义序列,但没有得到预期的结果。我是python新手,我也有import目录,但它不工作。没有显示任何内容(找不到错误)。它只是运行没有任何输出。你知道吗
import os
os.chdir('C:\Users\Vishnu\Desktop\Test_folder\Input')
for path, dirs, pdbfile in os.walk('/C:\Users\Vishnu\Desktop\Test_folder\Input'):
for line in pdbfile:
if line[:6] != "HETATM":
continue
chainID = line[21:22]
atomID = line[13:16].strip()
if chainID not in ('A', 'B', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H'):
continue
if atomID not in ('C4B', 'O4B', 'C1B', 'C2B', 'C3B'):
continue
with open('C:\Users\Vishnu\Desktop\Test_folder\Input', 'r') as fh:
new = [line.rstrip() for line in fh]
with open('C:\Users\Vishnu\Desktop\Test_folder\Output', 'w') as fh:
[fh.write('%s\n' % line) for line in new]
fh.write((line.rstrip()))
预期产量:
HETATM 3788 C4B NAI A 302 52.695 15.486 8.535 1.00 57.28 C
HETATM 3789 O4B NAI A 302 52.258 14.631 7.456 1.00 56.26 O
HETATM 3794 C1B NAI A 302 53.348 13.816 7.022 1.00 53.44 C
HETATM 3792 C2B NAI A 302 54.537 14.748 7.190 1.00 50.93 C
HETATM 3789 O4B NAI A 302 52.258 14.631 7.456 1.00 56.26 O
HETATM 3794 C1B NAI A 302 53.348 13.816 7.022 1.00 53.44 C
HETATM 3792 C2B NAI A 302 54.537 14.748 7.190 1.00 50.93 C
HETATM 3790 C3B NAI A 302 54.225 15.525 8.465 1.00 52.99 C
HETATM 3794 C1B NAI A 302 53.348 13.816 7.022 1.00 53.44 C
HETATM 3792 C2B NAI A 302 54.537 14.748 7.190 1.00 50.93 C
HETATM 3790 C3B NAI A 302 54.225 15.525 8.465 1.00 52.99 C
HETATM 3788 C4B NAI A 302 52.695 15.486 8.535 1.00 57.28 C
HETATM 3792 C2B NAI A 302 54.537 14.748 7.190 1.00 50.93 C
HETATM 3790 C3B NAI A 302 54.225 15.525 8.465 1.00 52.99 C
HETATM 3788 C4B NAI A 302 52.695 15.486 8.535 1.00 57.28 C
HETATM 3789 O4B NAI A 302 52.258 14.631 7.456 1.00 56.26 O
HETATM 3790 C3B NAI A 302 54.225 15.525 8.465 1.00 52.99 C
HETATM 3788 C4B NAI A 302 52.695 15.486 8.535 1.00 57.28 C
HETATM 3789 O4B NAI A 302 52.258 14.631 7.456 1.00 56.26 O
HETATM 3794 C1B NAI A 302 53.348 13.816 7.022 1.00 53.44 C
B链的格式也一样。你知道吗
如何打印预定义序列?第[21:22]行是否有链ID,链ID可以是A到H。如何定义A到H链ID?你知道吗
我无法按顺序打印,有人能告诉我如何用python打印预定义的顺序吗?你知道吗
回答后:
我已将上述代码更新为以下代码:
n = 4
for chain, atoms in d.items():
for atom, line in atoms.items():
for i in range(len(atom)-n+1):
for j in range(n):
print d[chain][atomIDs[i+j]]
print
我想再延长两段,但没有得到预期的结果
以下是我的评论,所有这些都被整合成一个答案:
我的第一行代码是10多年前编写的,用于解析PDB文件。不要绝望。你前面还有一段漫长而美丽的旅程。你知道吗
另外,我认为现在mmCIF比PDB更受欢迎。。。请务必阅读这两种文件格式的规范。你知道吗
我已经更新了答案,但请注意这个网站是为解决具体问题,而不是为其他人做你的工作。人们普遍看不起它。你知道吗
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