在外部程序调用中插入变量(子流程.call/Popen)在Python中

Question

我试图从Python脚本运行一个外部程序。在

在搜索和阅读了这里的多个帖子后，我找到了似乎是解决办法。在

首先，我使用subprocess.call功能。在

如果我这样构建命令：

hmmer1=subprocess.call("D:\Python_Scripts\HMMer3\hmmsearch.exe --tblout hmmTestTab.out SDHA.hmm Test.fasta")

外部程序D:\Python_Scripts\HMMer3\hmmsearch.exe正在跑步hmmTestTab.out文件名SDHA。嗯和测试.fasta作为输入文件。在

不过，如果我试图用变量outfile、hmmprofile和fastafile（我打算接收这些变量作为Python脚本的参数，并使用它们来构建外部程序调用）

^{pr2}$

Python打印一个关于无法打开输入文件的错误。在

我还使用了“Popen”函数，得到了类似的结果：

这个电话有效

hmmer3=Popen(['D:\Python_Scripts\HMMer3\hmmsearch.exe', '--tblout','hmmTestTab.out', 'SDHA.hmm','Test.fasta'])

但这个没有

hmmer4=Popen(['D:\Python_Scripts\HMMer3\hmmsearch.exe', '--tblout','outfile', 'hmmprofile','fastafile'])

因此，我想我需要了解将变量插值到调用中要遵循的过程，因为问题似乎就在那里。在

你们谁能帮我解决这个问题吗？在

提前谢谢

Answer 1

尝试改变这一点：

hmmer1=subprocess.call("D:\Python_Scripts\HMMer3\hmmsearch.exe" 

到

^{pr2}$

编辑

argv = '  tblout outfile hmmprofile fastafile' # your arguments
program = [r'"D:\\Python_Scripts\\HMMer3\\hmmsearch.exe"', argv]
subprocess.call(program) 

Answer 2

你有：

hmmer4=Popen(['D:\Python_Scripts\HMMer3\hmmsearch.exe', ' tblout','outfile', 'hmmprofile','fastafile'])

但这不是传递变量outfile。它传递一个字符串，'outfile'。在

你想要：

^{pr2}$

另一个答案是正确的，尽管它解决了一个不同的问题；您应该将反斜杠加倍，或者使用r''原始字符串。在