在python中为不规则图像添加边框

Question

我想添加一个边界到一个不规则的三维图像，这是一个二进制数字数组存储。我想也许可以将图像的体素左/右、前/后、上/下移动，然后组合这6个图像并减去原始图像；使用以下代码：

#make copy of the image shifted one voxel to the left
image_border = np.zeros((img_dim[0], img_dim[1], img_dim[2]))    
for x in xvoxels:
    x_slice_original = image[x, :, :]
    x_slice_new = np.zeros((img_dim[1], img_dim[2]))
    for y in yvoxels:
        for z in zvoxels:
            if x_slice_original[y, z] == 1:
                x_slice_new[(y-1), z] = 1
            else:
                x_slice_new[(y-1), z] = 0
    image_border[x, :, :] = x_slice_new

有人想知道有没有更有效的解决方案？在

编辑： 该图像为91*109*91体素的MRI图像。xvoxels和zvoxels是列表0:90，yvoxels是列表0:108

Answer 1

这里有一个使用scipy.ndimage.binary_dilation的非常简单的方法，它本质上是您想要的操作的库版本。剩下要做的就是把原始体素清空。正如你所看到的，整件事在一条线上很舒服。在

import numpy as np
from scipy import ndimage

# create mock data
i,j,k = np.ogrid[:10,:10,:10]
ball = ((i-5)**2+(j-5)**2+(k-5)**2 < 16).view(np.int8)

# create border
shell = (ndimage.binary_dilation(ball) & ~ball).view(np.int8)

# that's all folks, show one section of original and border
print(ball[5])
# [[0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]
#  [0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]
#  [0 0 0 1 1 1 1 1 0 0]
#  [0 0 1 1 1 1 1 1 1 0]
#  [0 0 1 1 1 1 1 1 1 0]
#  [0 0 1 1 1 1 1 1 1 0]
#  [0 0 1 1 1 1 1 1 1 0]
#  [0 0 1 1 1 1 1 1 1 0]
#  [0 0 0 1 1 1 1 1 0 0]
#  [0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]]
print(shell[5])
# [[0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]
#  [0 0 0 1 1 1 1 1 0 0]
#  [0 0 1 0 0 0 0 0 1 0]
#  [0 1 0 0 0 0 0 0 0 1]
#  [0 1 0 0 0 0 0 0 0 1]
#  [0 1 0 0 0 0 0 0 0 1]
#  [0 1 0 0 0 0 0 0 0 1]
#  [0 1 0 0 0 0 0 0 0 1]
#  [0 0 1 0 0 0 0 0 1 0]
#  [0 0 0 1 1 1 1 1 0 0]]