如何修复“模型不包含sbmlfbc包信息”

Question

我尝试用SBML包模拟一些模型。模型似乎运行良好，但我一直收到这些警告。 “模型不包含SBML fbc包信息。 cobrapy不支持SBML包“layout”，未分析信息 cobrapy不支持SBML包'render'，未分析信息“

Answer 1

您看到的只是警告您不要使用sbmlfbc包来编码基于约束的模型信息。最有可能的是，所有的信息，如通量边界和目标函数，都在您的模型中，但采用的是传统格式（例如，COBRA格式）。 使用fbc将您的模型更新到sbmll3的一种可能方法是使用cobrapy导入和导出，即

from cobra.io import read_sbml_model, write_sbml_model
model = read_sbml_model(input_path)
write_sbml_model(model, output_path)

导出使用最新版本的fbc。在

关于包的警告只是表示cobrapy中没有使用相应的信息，也就是说，当前cobrapy上下文中既没有解析也没有使用布局和呈现信息。在

StackOverflow不是cobrapy相关问题的最佳论坛。最佳帖子问题 https://github.com/opencobra/cobrapy/issues 像上面这样的问题 https://groups.google.com/forum/#!forum/cobra-pie

免责声明：我是cobrapysbml解析器的作者。在