解析fasta文件的While循环

Question

我被分配了一个没有编程经验的项目。它要求创建一个使用while循环、增量和boo的motif finder。我相信我是在正确的轨道上，但是非常不确定，因为我没有编程经验。谁能帮我找出我的错误并告诉我需要做些什么来改正它们吗。我又是一个生物学的家伙被要求接受这个任务

gi|14578797|gb|AF230943.1| Vibrio hollisae strain ATCC33564 Hsp60 (hsp60) gene, partial cds
CGCAACTGTACTGGCACAGGCTATCGTAAGCGAAGGTCTGAAAGCCGTTGCTGCAGGCATGAACCCAATG
GACCTGAAGCGTGGTATTGACAAAGCGGTTGCTGCGGCAGTTGAGCAACTGAAAGCGTTGTCTGTTGAGT
GTAATGACACCAAGGCTATTGCACAGGTAGGTACCATTTCTGCTAACTCTGATGAAACTGTAGGTAACAT
CATTGCAGAAGCGATGGAAAAAGTAGGCCGCGACGGTGTTATCACTGTTGAAGAAGGTCAGTCTCTGCAA
GACGAGCTGGATGTGGTTGAAGGTATGCAGTTTGACCGCGGCTACCTGTCTCCATACTTCATCAACAACC
AAGAGTCTGGTTCTGTTGATCTGGAAAACCCATTCATCCTGCTGGTTGACAAAAAAGTATCAAACATCCG
CGAACTGCTGCCTACTCTGGAAGCCGTCGCGAAATCTTCACGTCCACTGCTGATCATCGCTGAAGACGTA
GAAGGTGAAGCACTGGCAACACTGGTTGTAAACAACATGCGTGGCATCGTAAAAGGGCAGCAGTT

gi|14578795|gb|AF230942.1| Photobacterium damselae strain ATCC33539 Hsp60 (hsp60) gene, partial cds
GGCTACAGTACTGGCTCAAGCAATTATCACTGAAGGTCTAAAAGCGGTTGCTGCGGGTATGAACCCAATG
GATCTTAAGCGTGGTATCGACAAAGCAGTAGTTGCTGCTGTTGAAGAGCTAAAAGCACTATCTGTTCCTT
GTGCTGACACTAAAGCGATTGCTCAGGTAGGTACTATCTCTGCAAACTCTGATGCAACTGTGGGTAACCT
AATTGCAAAAGCTATGGATAAAGTTGGTCGTGATGGTGTTATCACGGTTGAAGAAGGCCAAGCGCTACAA
GATGAGTTAGATGTAGTTGAAGGTATGCAGTTCGATCGCGGTTACCTATCTCCATACTTCATCAACAACC
AACAAGCAGGTGCGGTGGAGCTAGAAAGCCCATTTATCCTTCTTGTTGATAAGAAAATCTCTAACATCCG
TGAGCTATTACCAGCACTAGAAGGCGTTGCAAAAGCATCTCGTCCTCTACTGATCATCGCTGAAGATGTT
GAAGGTGAAGCACTAGCAACACTGGTTGTGAACAACATGCGCGGCATTGTTAAAGTTGCTGCTGTT

我需要一些帮助。在

^{pr2}$

Answer 1

对于初学者来说，réad FASTA带有一个Bio.SeqIO模块，所以您不必编写这个FASTA_拆分器的怪物。生物赛顿通常是伟大的。 第二，你把一切都搞砸了。你打电话来搜索没有定义模式或字符串。这会崩溃的。然后你写

seq="x"
...
print "m"

在这两种情况下，您都使用字面上的字母“x”或“m”，而您需要的是变量名。正确的做法是

^{pr2}$

所有这些都是假设这是一个学生作业，而不是一个实际的研究。在后一种情况下，通常最好使用一些现代的motif finder工具：这些工具比任何一组regex都更敏感，在生物学上更正确。在