无法使用igraph函数“all_simple\u paths”

Question

我试图找到有向图上两个顶点之间的路径。我有一个igraph对象，它是有向图；我有一个父节点，以及具有我想要的属性的节点的顶点序列列表。我希望在这个有向图中找到从父节点到这些具有属性的节点的路径。在

igraph中唯一相关的命令似乎是“所有的简单路径”（如果我使用内置函数来提高效率，而不是编写自己的函数）。我就得想办法解决方向性问题了。在

然而，即使作为初步的方法，我也不能从igraph得到所有的简单路径！在

因此，错误是：

Traceback (most recent call last): File "/homes/jlada/Documents/omnipath_folder/full_network/vss.py", line 3, in from igraph import all_simple_paths ImportError: cannot import name 'all_simple_paths' from 'igraph' (/nfs/software/software/Linux_x86_64/opt/stow/anaconda3/envs/pypath/lib/python3.7/site-packages/igraph/init.py)

注意：我已经检查了是否安装了正确版本的igraph，即pythonigraph

我正在运行代码：

from pypath import main, data_formats
import igraph
from igraph import all_simple_paths
import time


protein = 'BMP7'

max_order= 3


pa = main.PyPath()
pa.init_network(pfile = '/homes/jlada/Documents/omnipath_folder/mynetwork.pickle')


pa.set_transcription_factors()



#network_graph = pa.gs_neighborhood(protein, order = max_order)



sub_bmp7_2 = pa.get_directed(
    pa.graph.induced_subgraph(
        list(pa.gs_neighborhood(protein, order = max_order).vs()
    )
))




vsparent = [v for v in sub_bmp7_2.vs() if v['name']== protein]



#neighboraffects=set(pa.up_affects('BMP7').up())

tfs_ind=[v for v in sub_bmp7_2.vs() if v['tf']]

print(tfs_ind)


j = all_simple_paths(sub_bmp7_2, vsparent, tfs_ind[1], mode= "out")

print(j)

我想我应该检查一下函数all\u simple\u paths是否在igraph中，因此尝试了：

^{pr2}$

输出很长。不幸的是，我不知道如何查询输出以查看它是否包含all-unu-simple-chants路径。我确实是手动的，而且据我所知，没有函数都是简单路径。在

有没有人有过igraph不包含所有简单路径的经验？这是版本吗？在

Answer 1

Python的igraph不包含all_simple_paths，但是igraph for R does。你可能把两者搞混了。在

根据this answer，一个简单的解决方案可以相当容易地配制出来（注意，这可能需要稍作调整才能与igraph一起使用）：

def adjlist_find_paths(a, n, m, path=[]):
  "Find paths from node index n to m using adjacency list a."
  path = path + [n]
  if n == m:
    return [path]
  paths = []
  for child in a[n]:
    if child not in path:
      child_paths = adjlist_find_paths(a, child, m, path)
      for child_path in child_paths:
        paths.append(child_path)
  return paths

def paths_from_to(graph, source, dest):
  "Find paths in graph from vertex source to vertex dest."
  a = graph.get_adjlist()
  n = source.index
  m = dest.index
  return adjlist_find_paths(a, n, m)