Snakemake不执行bash命令

Question

我正在尝试在Snakemake中运行一个小管道，以便从RNA seq中过滤出文件中的良好读取。在

这是我的代码：

SAMPLES = ['ZN21_S1', 'ZN22_S2','ZN27_S3', 'ZN28_S4', 'ZN29_S5' ,'ZN30_S6']
rule all:
    input:
        expand("SVA-{sample}_L001_R{read_no}.fastq.gz", sample=SAMPLES, read_no=['1', '2'])
rule fastp:
    input:
        reads1="SVA-{sample}_L001_R1.fastq.gz",
        reads2="SVA-{sample}_L001_R2.fastq.gz"
    output:
        reads1out="out/SVA-{sample}_L001_R1.fastq.gz.good",
        reads2out="out/SVA-{sample}_L001_R2.fastq.gz.good"
    shell:
        "fastp -i {input.reads1} -I {input.reads2} -o {output.reads1out} -O {output.reads2out}"

所有的示例（在符号链接中）都在同一个文件夹中，我只收到消息“Nothing to be do”。 我没看到什么？在

Answer 1

在您的示例中，rule all中的目标文件应该与rule fastp的输出文件匹配，而不是当前设置中的输入文件。根据您的代码，rule all中的目标文件已经存在，因此在执行它时会出现消息Nothing to be done。在

rule all:
    input:
        expand("out/SVA-{sample}_L001_R{read_no}.fastq.gz.good", sample=SAMPLES, read_no=['1', '2'])