如何使用python包ete2使用存储在列表中的字符串创建树？

Question

我正在尝试使用python包ete2从我的一个元胞自动机模型输出的合成数据制作一个系统发育树。数据由列为（父项，子项）的对组成，其中每一对成员都是一个表示突变事件的唯一整数。我已经将这对中的每个成员都重铸为字符串，并在它们前面加上“r”，所以现在：

（'r1'，'r2'）将表示一个名为'r1'的父代，从而产生一个名为'r2'的子代。因此输出文件如下所示：

[['r1' 'r2']
 ['r1' 'r3']
 ['r1' 'r4']
 ['r1' 'r5']
 ['r1' 'r6']
 ['r1' 'r7']
 ['r1' 'r8']
 ['r1' 'r9']
 ['r2' 'r10']
 ['r1' 'r11']
 ['r1' 'r12']
 ['r8' 'r13']
 ['r1' 'r14']
 ['r4' 'r15']
 ['r1' 'r16']
 ['r1' 'r17']
 ['r1' 'r18']
 ['r1' 'r19']]

我想迭代列表，使用'add_nuchild'创建树，但总是出错。我目前的代码是：

^{pr2}$

我得到了一个错误：

Traceback (most recent call last):
  File "treetest.py", line 33, in <module>
    a = b.add_child(name = a)
AttributeError: 'str' object has no attribute 'add_child'

如果我用r1（或其他东西）替换最后一行代码中的'b'，它就可以找到，但当然，这并不代表数据。。。先谢谢你，宇宙。在

Answer 1

像这样：

t = Tree() # Creates an empty tree
r1 = t.add_child(name="r1")
lookup = {"r1": r1}

def sort_pairs(pair):
    # Extract integer after "r".
    return int(pair[0][1:])

for pair in sorted(pairs_list, key=sort_pairs):
    parentname = pair[0]
    childname = pair[1]
    if childname not in lookup:
        if parentname in lookup:
            # Add child.
            newchild = lookup[parentname].add_child(name = childname)
            lookup.add(childname, newchild)
        else:
            raise RuntimeError('Must not happen.')