你怎么分析fna.gz公司在python中？

Question

我想把我的第N个碱基对还给我fna.gz公司基因组输入。理论上它是这样工作的：

allele = genome[14325]
print(allele)
#: G

这是我现在掌握的代码：

^{pr2}$

但它不起作用，我得到一个错误：

UnicodeDecodeError: 'charmap' codec can't decode byte 0x8f in position 386: character maps to <undefined>

Answer 1

你可以的

• 尝试先打开.gz文件，然后再将其作为fasta [1]读取：

    with gzip.open("practicezip.fasta.gz", "rt") as handle:
        for record in SeqIO.parse(handle, "fasta"):
            #your code

• 如果错误仍然存在，请在解析函数中指定编码。正如biopythonseqio手册所述：“对于像FASTA这样无法确定字母表的文件格式，显式地指定字母表可能是有用的”。所以：

^{pr2}$

除了UnicodeDecodeError错误之外，您可能还需要定义函数some_function(sequence)，否则Python将不知道当您调用它时该做什么。例如：

^{3}$