bash:python:.py:未找到命令

Question

我试图在安装在macbook上的QIIME2 virtual machine中运行以下命令，但代码无法运行

validate_mapping_file.py -m Fasting_Map.txt -o mapping_output

这是链接：http://qiime.org/tutorials/tutorial.html

我收到以下信息

bash: validate_mapping_file.py: command not found

我对unix/linux和qiime都是新手。我会非常感谢你的帮助。。。

Answer 1

要以这种方式执行Python脚本，需要三件事：

1. 文件需要为您设置可执行位。为此，请尝试使用：chmod u+x validate_mapping_file.py

2. 文件需要以shebang开头，例如#!/usr/bin/env python3，它将告诉系统根据您的环境使用python3可执行文件运行脚本

3. 该文件需要位于PATH环境变量中的某个目录中。您可以使用exportPATH=$PWD:$PATH或使用./validate_mapping_file.py来添加当前目录，而不仅仅是validate_mapping_file.py（谢谢@Grisha）

之后，您应该能够像以前那样执行脚本。