与南斯打交道scipy.stats.chisqu公司

Question

我试图对一些包含nan的数据进行chi^2测试。以下是MWE：

from scipy.stats import chisquare as chi2
import numpy as np
x = [16, 18, 16, 14, 12, 12]
chi2(x)

输出

^{pr2}$

但是

x[-1] = np.nan
chi2(x)

给予

Power_divergenceResult(statistic=nan, pvalue=nan)

使用面膜

mask = ~np.isnan(x)
chi2(x[mask])

结果

TypeError                                 Traceback (most recent call last)
<ipython-input-13-3c009fd66f63> in <module>
----> 1 chi2(x[mask])

TypeError: only integer scalar arrays can be converted to a scalar index

我认为（希望）我实际数据中的nan是导致这个问题的原因。scipy.stats.chisquare是否有处理nan的内置方法，例如，spearmanr处理它的nan_policy？如果没有，最好的处理方法是什么？在

Answer 1

x是一个列表；布尔数组（就此而言，任何数组）不能用于索引列表。在

In [244]: x = [16, 18, 16, 14, 12, 12]                                          
In [245]: x[-1] = np.nan                                                        
In [246]: mask = ~np.isnan(x)                                                   
In [247]: x[mask]                                                               
                                     -
TypeError                                 Traceback (most recent call last)
<ipython-input-247-fee3ce9a3be1> in <module>
  > 1 x[mask]

TypeError: only integer scalar arrays can be converted to a scalar index
In [248]: mask                                                                  
Out[248]: array([ True,  True,  True,  True,  True, False])

该错误发生在调用chi2之前。在

如果x是ndarray它可能会工作：）

^{pr2}$