动态输入和动态输出ru的问题

Question

我有一个关于使用动态通配符的快速问题。我搜索了文档和论坛，但没有找到对我的问题的直接答案。在

以下是给我带来麻烦的规则：

rule all:
input: dynamic("carvemeOut/{species}.xml")
shell:"snakemake --dag | dot -Tpng > pipemap.png"

rule speciesProt:
input:"evaluation-output/clustering_gt1000_scg.tab"
output: dynamic("carvemeOut/{species}.txt")
shell:
    """
    cd {config[paths][concoct_run]}
    mkdir -p {config[speciesProt_params][dir]}
    cp {input} {config[paths][concoct_run]}/{config[speciesProt_params][dir]}
    cd {config[speciesProt_params][dir]}
    sed -i '1d' {config[speciesProt_params][infile]} #removes first row
    awk '{{print $2}}' {config[speciesProt_params][infile]} > allspecies.txt #extracts node information
    sed '/^>/ s/ .*//' {config[speciesProt_params][metaFASTA]} > {config[speciesProt_params][metaFASTAcleanID]} #removes annotation to protein ID
    Rscript {config[speciesProt_params][scriptdir]}multiFASTA2speciesFASTA.R
    sed -i 's/"//g' species*
    sed -i '/k99/s/^/>/' species*
    sed -i 's/{config[speciesProt_params][tab]}/{config[speciesProt_params][newline]}/' species*
    cd {config[paths][concoct_run]}
    mkdir -p {config[carveme_params][dir]}
    cp {config[paths][concoct_run]}/{config[speciesProt_params][dir]}/species* {config[carveme_params][dir]}
    cd {config[carveme_params][dir]}
    find . -name "species*" -size -{config[carveme_params][cutoff]} -delete #delete files with little information, these cause trouble
    """

rule carveme:
input: dynamic("carvemeOut/{species}.txt")
output: dynamic("carvemeOut/{species}.xml")
shell:
    """
    set +u;source activate concoct_env;set -u
    cd {config[carveme_params][dir]}
    echo {input}
    echo {output}
    carve $(basename {input})
    """

我之前在carveme规则的输入和输出中使用了两个不同的widlcards：

^{pr2}$

我想要snakemake做的是多次运行carveme规则，为每个input.txt文件创建一个output.xml文件。但是，snakemake只运行一次规则，使用输入列表创建一个输出，如下所示：

rule carveme:
input: carvemeOut/species2.txt, carvemeOut/species5.txt, carvemeOut/species1.txt, carvemeOut/species10.txt, carvemeOut/species4.txt, carvemeOut/species17.txt, carvemeOut/species13.txt, carvemeOut/species8.txt, carvemeOut/species14.txt
output: {*}.xml (dynamic)
jobid: 28

在修改规则以使用相同的通配符之后，如@stovfl所建议并显示在第一个代码框中，我得到以下错误消息：

$ snakemake all
Building DAG of jobs...
WildcardError in line 174 of /c3se/NOBACKUP/groups/c3-c3se605-17-8/projects_francisco/binning/snakemake-concot/Snakefile:
Wildcards in input files cannot be determined from output files:
species

关于如何解决这个问题有什么建议吗？在

提前谢谢你， 自由区

Answer 1

您希望在规则all和创建动态输出的规则中包含dynamic，而不是在上一个输出中。在

这是一个有效的例子。以物种的输入文件为例species_example.txt：

SpeciesA
SpeciesB
SpeciesC
SpeciesD

下面的Snakefile将动态生成4个输出文件

^{pr2}$

Dynamic目前在Snakemake中有很多限制（只允许一个动态通配符见下面Francisco的评论，在同一个规则中不能混合非动态和动态输出），因此如果可能，我尽量避免使用。例如，在运行任何规则之前，我将使用pyton函数生成一个可能的物种名称列表，并使用该列表扩展rule all中的通配符，而不是使这个示例动态化。您确定需要动态输出吗？在

另外，您应该避免直接在Snakefile中写入如此长的shell部分，而使用外部脚本或将shell命令分解为多个规则。在