如何解决带有“未识别参数”的错误？

Question

我写了一个python脚本（在我朋友的帮助下），它允许我：

1. Search multiple directories for files with the identical names 2. append the absolute path to the name of the file 3. Add all the files to one directory

这样做是为了避免在使用cp命令时文件被覆盖。在

最近我尝试过使用脚本，但现在遇到了如下错误：

代码：python ~/gatherfiles.py —outdir protein_files —trgfile ./*/protein.faa

错误： gatherfiles.py: error: unrecognized arguments: ./GCF_000374525.1_ASM37452v1_genomic.fna_dfast/protein.faa ./GCF_000463742_ASM94337v1_genomic.fna_dfast/protein.faa ./GCF_...etc. 有人知道如何克服这个问题吗？在

以下是实际脚本：

_all__ = ['gatherfiles']
import os
import glob
import shutil
import argparse

def gatherfiles(outdirpath, trgfilename):
  """
  Args:
  - outdirpath (str): A path to output directory.
  - trgfilename (str): A name of target file. Escape sequence is available (eg. '*.txt').
  """

  # make output dir
  os.makedirs(outdirpath, exist_ok=True)

  # search target file
  paths = glob.glob(trgfilename, recursive=True)

  for path in paths:
    dname = os.path.dirname(path).split('/')[-1]
    fname = path.split('/')[-1]
    shutil.copyfile(path, os.path.join(outdirpath,dname+'_'+fname))

if __name__ == '__main__':
  parser = argparse.ArgumentParser(formatter_class=argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter)

  parser.add_argument('--outdir', type=str, required=True, help='path to output directory.')
  parser.add_argument('--trgfile', type=str, required=True, help='name of target file.')
  opt = parser.parse_args()

  gatherfiles(opt.outdir, opt.trgfile)

我希望新命名的文件存储在输出文件中，而不会被对方覆盖。在

Answer 1

这是从shell运行的，它有自己的glob扩展。如果你想通过辩论

./*/protein.faa

对于未展开的程序，您需要对其进行转义以保护其不受外壳攻击

^{pr2}$

或者，正如Taek所说，您可以更改函数和arg解析器以接受预先展开的目标路径列表。在

Answer 2

解析器的参数 trgfile接受一个字符串。 但您使用通配符调用脚本：—trgfile ./*/protein.faa。在

然后将此通配符计算为多个字符串，因此出现无法识别的参数错误。在

更改trgfile以接受多个值（addnargs='+'），或者使用单个trgfile调用脚本。在