如何调用iPython noteb中用argparse编写的模块

Question

我试图在iPython的笔记本环境中将BioPython序列传递给Ilya Stepanov's implementation of Ukkonen's suffix tree algorithm。我在argparse组件上遇到了问题。

我以前从来没有直接和argparse打过交道。如何在不重写main（）的情况下使用它？

通过，this writeup of Ukkonen's algorithm is fantastic。

Answer 1

在Ipython笔记本中使用argparse的另一种方法是将字符串传递给：

args = parser.parse_args() （您引用的git repo的第303行。）

可能是这样的：

parser = argparse.ArgumentParser(
        description='Searching longest common substring. '
                    'Uses Ukkonen\'s suffix tree algorithm and generalized suffix tree. '
                    'Written by Ilya Stepanov (c) 2013')

parser.add_argument(
        'strings',
        metavar='STRING',
        nargs='*',
        help='String for searching',
    )

parser.add_argument(
        '-f',
        '--file',
        help='Path for input file. First line should contain number of lines to search in'
    )

以及

args = parser.parse_args("AAA --file /path/to/sequences.txt".split())

编辑：有效

Answer 2

我已经有了a similar problem before,，但是使用了optparse，而不是argparse。

不需要更改原始脚本中的任何内容，只需将新列表分配给sys.argv，如下所示：

if __name__ == "__main__":
    from Bio import SeqIO
    path = '/path/to/sequences.txt'
    sequences = [str(record.seq) for record in  SeqIO.parse(path, 'fasta')]
    sys.argv = ['-f'] + sequences
    main()

Answer 3

最后我使用BioPython提取序列，然后编辑Ilya Steanov的实现来删除argparse方法。

import imp
seqs = []
lcsm = imp.load_source('lcsm', '/path/to/ukkonen.py')
for record in SeqIO.parse('/path/to/sequences.txt', 'fasta'):
    seqs.append(record)
lcsm.main(seqs)

对于算法，我让main()接受一个参数，他的strings变量，但这会向算法发送一个特殊的BioPython Sequence objects列表，re模块不喜欢这个列表。所以我必须提取序列字符串

suffix_tree.append_string(s)

到

suffix_tree.append_string(str(s.seq))

看起来有点脆，但这就是我现在所拥有的。