如何在Azure笔记本中使用rmagic？

Question

我正在尝试从R片段中获取一些数据到azurepython3jupyter笔记本（托管在http://notebooks.azure.com免费提供）。在

我在Python 3笔记本中尝试了以下操作：

%load_ext rmagic

然后尝试嵌入R:

^{pr2}$

那么

x

这里我得到Python错误：name 'x' is not defined-见下图。在python3中嵌入R并使用Azure笔记本交换数据的正确方法是什么？在

Azure Notebooks http://nogin.info/R2Py.png

Answer 1

@DmitryNogin，我成功地复制了这个问题。根据下面从here的描述，你现在需要在jupyter笔记本中使用%load_ext rpy2.ipython而不是{}。在

The rmagic extension has been moved to rpy2 as rpy2.interactive.ipython.

然而，当我在笔记本中尝试%load_ext rpy2.ipython时，我发现了以下一些其他错误。在

ImportError: libRblas.so: cannot open shared object file: No such file or directory

我在Azure笔记本服务器上搜索了一个需要使用export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/MR0-3.3.0/R-3.3.0/lib/R/lib（通过命令which R找到的路径值）设置环境变量LD_LIBRARY_PATH。但是主机Ubuntu操作系统没有安装vi或vim，而且我不知道终端中sudo的sudo密码，所以虽然解决方案在笔记本服务器终端ipython上有效，但无法使jupyter正常工作。在

我最后的工作解决方案是使用笔记本服务器的终端来命令ln -s /usr/lib64/MR0-3.3.0/R-3.3.0/lib/R/lib/* ~/anaconda3_410/lib/。在

然后，当您输入%load_ext rpy2.ipython，您将得到一个错误ImportError ..../libreadline.so.6: undefined symbol: PC。您只需在%load_ext rpy2.ipython之前输入import readline来求解它。在

最后，您可以为%R xxx加载rpy2.ipython，其中包含一些警告信息。在

希望有帮助。在