如何在3d文件中的特定位置生成3d ROI球体（python/nilearn）

Question

我的目标是用一个3D球面掩模在给定的位置上对3D图像进行掩模。 我想提取这个3D蒙版中所有的图像值

我目前正在使用python的nilearn.image.NiftiSpheresMasker函数通过以下方式实现：

central_coordinates=(x,y,z)
masker = NiftiSpheresMasker(central_coordinates, radius=rad)
values=masker.fit_transform(resampled_image) 

但是，这只返回ROI内的平均信号。有没有办法：

• 提取此函数使用的掩码（这样我就可以手动获取值）
• 使用另一种方法来实现这种3D感兴趣区域

另外，我已经尝试过使用FSL的fslmaths -kernel，它适用于立方体，但不适用于球体。在

Answer 1

我通过使用nltools包中的函数create_sphere解决了这个问题

查看此链接：https://github.com/ljchang/nltools/issues/122