在Anaconda中安装Orange3：g++和libstdc不匹配++

Question

我运行的是Fedora25，它是gcc/g++/libstdc++版本6.3.1附带的。 我还运行Anaconda4.3.1版，它附带了libstdc++ 6.0.19。在

当我在Anaconda下安装Orange3时（通过说“pip install Orange3”），有些文件是用Fedoras g++编译的，但是链接到Anacondas libstdc++：

注意输出的第三行：

$ ldd ~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
linux-vdso.so.1 (0x00007ffe9b5a2000)
libpython3.6m.so.1.0 => /home/marhoy/anaconda3/lib/libpython3.6m.so.1.0 (0x00007efc3a6ef000)
libstdc++.so.6 => /home/marhoy/anaconda3/lib/libstdc++.so.6 (0x00007efc3a3d9000)
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007efc3a0ad000)
libgcc_s.so.1 => /home/marhoy/anaconda3/lib/libgcc_s.so.1 (0x00007efc39e97000)
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00007efc39c79000)
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007efc398b1000)
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00007efc396ad000)
libutil.so.1 => /lib64/libutil.so.1 (0x00007efc394aa000)
librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x00007efc392a2000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x000055a3c43d1000)

这会导致问题，因为6.3.1和6.0.19之间存在差异。因此，当我尝试使用散点图小部件时，我得到：

_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: __cxa_throw_bad_array_new_length

如果我可以预加载fedoraslibstdc++，一切似乎都可以正常工作。 如果我在Anaconda外部安装Orange3（通过使用pip3安装——用户Orange3），它也可以工作。在

我之所以不从conda存储库安装Orange3是因为它已经过时了。在

那么：如何使Orange文件链接到我的Fedora libstdc++？

Answer 1

为什么_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so从~/anaconda3/lib获取libstdc++.so？因为RPATH：

(root)# chrpath -l /conda/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
/conda/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so: RPATH=/conda/lib

我猜，您可能安装了conda包libgcc，而在使用pip安装Orange3时没有安装conda包gcc。因此产生了冲突。在

您有以下选项：

1. 删除libgcc:conda remove -y libgcc

2. 从.so文件中删除RPATH

   (root)# chrpath -d /conda/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
   (root)# chrpath -l /conda/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
   /conda/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so: no rpath or runpath tag found.
   

3. 将RPATH转换为RUNPATH：

   (root)# chrpath -c /conda/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
   

   以便以后可以通过执行以下操作覆盖它：

   LD_LIBRARY_PATH=/lib64 /path/to/python/program
   

4. 构建自己的包。

我强烈反对方案2或3。只有在其他包对该包没有依赖关系时，才能执行1。最好的解决方案是do4，或者使用condaforge（到目前为止，它有v3.4.0）。在

$ pip uninstall Orange3
$ conda install -c conda-forge orange3

您可以在https://github.com/conda-forge/orange3-feedstock/tree/master/recipe上查看orange3的配方，将其修改为您想要的最新版本（v3.4.1），然后将其上载到您自己的频道水蟒网太好了！在